深圳实时RT-PCR检测技术研究方案

Real-time PCR原理：Real-time PCR主要指在PCR反应体系中加入荧光物质，然后通过荧光化学物质监测每次PCR反应循环后产物总量的方法，之后通过内参法或外参法对待测样品中的特定DNA序列（目的基因）进行定量分析的方法。实验过程中，这些荧光物质可以在激发光的作用下释放出一定波长的发射光，定量用PCR仪通过对这些发射光进行实时监测，较终可以描绘出整个PCR的反应过程，这就是Real-time PCR的原理。Real-time PCR链式反应：DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解旋成单链，在DNA聚合酶的参与下，根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子拷贝。在实验中发现，DNA在高温时也可以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的变性和复性，加入设计引物，DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。但是，DNA聚合酶在高温时会失活。通过使用本产品，可以在更短的时间内，简便、低成本地进行Real-time PCR检测。深圳实时RT-PCR检测技术研究方案

引物的设计注意事项：1，引物设计要跨内含子，不能在一个外显子上（我们的实验是以cDNA为模板来扩增的，如果有DNA污染的话，因为DNA上含有分子量很大的内含子，不可能完成扩增。这对我们消除整个实验的误差起很大的作用）。2，引物设计的时候要尽可能设计在同一退火温度，方便于以后同时扩增很多不同的基因片段。但是如果相差比较大，就得分开做，浪费模板，浪费管家基因，所以每个实验室设计引物的时候要尽可能一致，这样就不用每次查退火温度，且对整个实验有利。深圳实时RT-PCR检测技术研究方案聚合酶链式反应的特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

引物的设计对于这个实验至关重要，因为Real-time PCR的检测灵敏度比较高，所以相应的对引物设计的要求就很高。普通的要求规则大家都知道，还有几点必须注意：1，引物的错配率（引物错配形成引物二聚体，但是SYBR照样能嵌入进去，结果导致实验结果的误差很大，重复性也不好）。2，引物的特异性一定要高（不像常规PCR，引物同源性不高，只要两条产物的片段长度相差足够大，在电泳的时候能够区分开就可以。Real-time PCR只有在熔解曲线的时候能分开，所以这就造成整个实验结果误差很大，不可信）。

Real-time PCR：基线（baseline)：通常是3－15个循环的荧光信号，同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。阈值（threshold)：自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。手动设置：置于指数扩增期，刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。Ct值：与起始浓度的对数成线性关系，分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。相对定量：通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-△△Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。聚合酶链反应是一种非常强大和实用的研究工具。

Real-time PCR链式反应的常见问题：靶序列变异：如靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其PCR扩增是不会成功的。假阳性：出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。出现片状拖带或涂抹带：PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量差，dNTP浓度过高，Mg2+浓度过高，退火温度过低，循环次数过多引起。其对策有：减少酶量，或调换另一来源的酶。②减少dNTP的浓度。适当降低Mg2+浓度。增加模板量，减少循环次数。聚合酶链式反应准备：PCR所用的酶主要有两种来源：Taq和Pfu，分别来自两种不同的噬热菌。聚合酶链式反应准备：引物内部不应出现互补序列。徐州微量定量PCR研究方案

实时荧光定量PCR是一种采用外标准曲线定量的方法。深圳实时RT-PCR检测技术研究方案

Real-time PCR双荧光标记探针设计原则：具体的其他要求可以具体联系设计公司，拿到合成好的引物，需要先确认引物的性能。可以用这对引物先扩增梯度稀释后的标准品（标准品介绍见后续内容）。由不同梯度标准品的加量和其对应的Ct值，描绘出一条标准曲线。这里要注意根据标准曲线得到的参数是非常重要的。引物性能确认：1.决定系数R2大于0.98，越接近于1，结果越可靠。2.扩增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.检测的灵敏度，必须确认，通常要求35个循环以内，一般可以得到比较好的定量结果，30个循环以内，没有非特异性扩增产生。4.NTC是必须要确认的，通常要求30个循环内没有引物二聚体产生。深圳实时RT-PCR检测技术研究方案

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