南通细胞Real-time PCR
Real-time PCR:基线(baseline):通常是3-15个循环的荧光信号,同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。阈值(threshold):自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。手动设置:置于指数扩增期,刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值,但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。Ct值:与起始浓度的对数成线性关系,分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。相对定量:通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-△△Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。Real-time PCR技术已经被普遍用于监测细胞mRNA表达量的变化。南通细胞Real-time PCR
Real-time PCR-传统定量PCR:1)内参照法:在不同的PCR反应管中加入已定量的内标和引物,内标用基因工程方法合成。上游引物用荧光标记,下游引物不标记。在模板扩增的同时,内标也被扩增。在PCR产物中,由于内标与靶模板的长度不同,二者的扩增产物可用电泳或高效液相分离开来,分别测定其荧光强度,以内标为对照定量待检测模板。2)竞争法:选择由突变克隆产生的含有一个新内切位点的外源竞争性模板。在同一反应管中,待测样品与竞争模板用同一对引物同时扩增(其中一个引物为荧光标记)。武汉特殊样本RT-PCR检测技术应用实时荧光定量PCR以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。
Real-time PCR探针法适用于:1、具有高适应性和可靠性,实验结果稳定重複性好,特异性更高。2、适用于扩增序列专一的体系的检测。3、样品中靶基因含量过低的定量PCR检测。4、靶基因的特异序列较短,无论怎样较佳化引物设计条件都不能解决。5、存在与靶基因同源的序列,在PCR中容易出现非特异性扩增,对特异性要求较高的定量。6、普遍用于人类传染病的诊断和病原定量,在动物病原体基因的检测,畜禽产品的检验检疫,生物製品的鉴定。Real-time PCR探针法:PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的萤光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告萤光基团和一个淬灭萤光基团。探针完整时,报告基团发射的萤光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解,使报告萤光基团和淬灭萤光基团分离,从而萤光监测系统可接收到萤光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个萤光分子形成,实现了萤光信号的累积与PCR产物形成完全同步。
为了便于对所检测样本进行比较,在real-timeQ-PCR反应的指数期,首先需设定一定荧光信号的域值,一般这个域值(threshold)是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号(baseline),荧光域值的缺省设置是3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。如果检测到荧光信号超过域值被认为是真正的信号,它可用于定义样本的域值循环数(Ct)。Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数。研究表明,每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,起始拷贝数越多,Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,因此只要获得未知样品的Ct值,即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。Real-time PCR反是一项利用DNA双链复制的原理。
Real-time PCR实验注意事项-防止RNA酶污染的措施:1.所有的玻璃器皿均应在使用前于180℃的高温下干烤6hr或更长时间。2.塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿冲洗(注意:有机玻璃器具因可被氯仿腐蚀,故不能使用)。3.有机玻璃的电泳槽等,可先用去污剂洗涤,双蒸水冲洗,乙醇干燥,再浸泡在3%H2O2室温10min,然后用0.1%DEPC水冲洗,晾干。4.配制的溶液应尽可能的用0.1%DEPC,在37℃处理12hr以上。然后用高压灭菌除去残留的DEPC。不能高压灭菌的试剂,应当用DEPC处理过的无菌双蒸水配制,然后经0.22μm滤膜过滤除菌。5.操作人员戴一次性口罩、帽子、手套,实验过程中手套要勤换。6.设置RNA操作专业使用实验室,所有器械等应为专业使用。Real-time PCR反应的一个主要限制是,为了产生其选择性扩增的引物,需要目标序列的先前信息。南通细胞Real-time PCR
Real-time PCR可看作是生物体外的特殊DNA复制。南通细胞Real-time PCR
所谓real-timeQ-PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基因,利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程,之后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在real-time技术的发展过程中,两个重要的发现起着关键的作用:(1)TaqDNA多聚酶的5′核酸外切酶活性的发现,它能降解特异性荧光记探针,因此使得间接的检测PCR产物成为可能。(2)此后荧光双标记探针的运用使在一密闭的反应管中能实时地监测反应全过程。这两个发现的结合以及相应的仪器和试剂的商品化发展导致real-timeQ-PCR方法在研究工作中的运用。南通细胞Real-time PCR
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