单细胞测序高通量测序项目

2021年11月1日，在这个平凡而又特殊的日子里，生工生物高通量测序部迎来了一位新成员——10xGenomics Chromium X！不要看我们个头小，我们可是百万级单细胞捕获神器吆。X是如何实现单次运行有这么高的吞吐量呢？多通道+高捕获+10x的CellPlex多样本混样技术。X仪器本身有16个通道（Controller为8通道），每个通道比较多捕获20000个细胞（Controller为10000个细胞）。再结合10x的CellPlex多样本混样技术，每个通道比较多可捕获60,000个细胞，去除双细胞率后，每张芯片比较多可捕获750,000个单细胞。DNA样品请提供电泳胶图，浓度>20 ng/μl，总量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA，可冰袋运输，不超过3天。单细胞测序高通量测序项目

简化基因组测序，项目介绍：通过限制性内切酶对基因组DNA进行酶切，并对酶切片段进行高通量测序，这种通过酶切降低基因组的复杂度的测序技术统称为简化基因 组测序技术。利用生物信息学方法，进行SNP单体型图谱绘制，全基因组关联分析（GWAS），连锁分析和QTL定位分析，种群进化，主成分分析等。比较有代表性的方法有GBS-seq和RAD-seq。宏全基因组测序，项目介绍：宏基因组指特定环境样品内全部遗传物质的总和。直接提取环境样品内全部基因组DNA，随后进行大规模高通量测序（shotgun 策 略）。测到数据后，先进行必要的数据质控，而后进行基因组拼接、注释（物种、基因功能），使得我们可以获取环境样品内菌群分布、系统进化、功能代谢等信息。该方法已经得到普遍的运用。上海地区基因组高通量测序原理组织材料样品（提取RNA用）建议将标签用胶带贴到管壁，干冰运输。

AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一种小分子染料，可以通过完整的细胞膜，嵌入所有细胞（活细胞和死细胞）的细胞核，呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）只能通过不完整的细胞膜，即死细胞的细胞膜，嵌入所有死细胞的细胞核，呈现红色荧光，通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞，这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。荧光细胞计数仪检测结果可以让我们直观的看到：细胞浓度（总细胞，活细胞，死细胞）、细胞存活率（台盼蓝和双荧光AO/PI染色）、细胞平均直径、细胞聚团率、细胞直径分布等结果的展示。

全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序，其研究主要包括3个方面：第一种为不参考任何现有序列从头组装测序，是对未知基因组序列的物种进行基因组测序，并综合利用不同测序技术和生物信息学工具对研究物种进行序列拼接和修正，进而获得该物种的基因组序列图谱；第二种为常见的全基因组重测序，是对已知基因组序列的物种进行个体或群体的测序研究，建立一个测序文库进行单个个体或不同个体混合池测序，发现遗传变异标记，进行后续的研究；第三种是在已有参考基因组序列图谱的基础上，对不同品种的具有代表性个体建立多个文库进行全基因组从头组装测序，此方法能够进一步的进行参考基因组的修补和发现短序列比对难以发现的遗传变异。生工生物拥有众多生物信息分析人才，可进行专业的项目分析，为客户提供个性化服务。生物信息分析经验丰富，可以满足客户标准分析到定制分析作图的需求。

扩增子测序，项目介绍：随着基因编辑技术（尤其是CRISPR-cas9技术）的发展，科研人员使用传统的Sanger测序技术无法快速有效鉴定基因编辑效率。但是，通过对靶基因区域附近设计引物，进行PCR扩增，并对PCR产物进行高通量测序，可以快速高效的获得目标区域的突变频率信息，尤其是对低频突变的检测效果远远优于一代测序，性价比极高。16S全长分类测序，项目介绍：16S全长测序分析主要是对 16S rRNA基因全长进行扩增，基于PacBio 测序平台测序. 相比较二代测序只选择 1-2 个高变区进行测序，三代可以获得全长的 16S 序列，更多变异区信息可以提高物种鉴定的分辨率，还可以提高对于群落组成的鉴定的精度。另外，针对fungus/真核生物，也可以采用类似的办法，扩增ITS/18S全长，进行物种分类测序，提高鉴定精度。请注意选择无RNA酶的容器盛放样本，尽量避免RNA降解。上海靶向捕获高通量测序高通量

RNA样品建议用足量干冰运输。单细胞测序高通量测序项目

单细胞测序是什么？单细胞测序是基于高通量测序（Next-generationsequencingtechnology，NGS）方法，检测群体中单细胞基因组、单细胞转录组、单细胞表观基因组及单细胞蛋白组，提供细胞间差异的高分辨率视图，从分子水平揭示细胞奥秘。单细胞转录组测序（Single-cellRNA-Sequencing，ScRNA-Seq）指在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析的技术。单细胞转录组测序能获得单个细胞内近万个基因的表达信息，为辨别生物组织中各种细胞类型的转录组特征和全方面揭示细胞之间基因表达的异质性提供了有力的工具[3]。说到细胞异质性（Cellheterogeneity)，就要说到我们为什么要用单细胞测序技术了。单细胞测序高通量测序项目

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