转录组高通量测序应用

转录组测序，项目介绍：RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的 RNA 并进行 mRNA 富集，然后反转录为 cDNA 后进行新一代高通量测序，在此基础上进行短片段拼接组装，从而获得一个个单独转录本，进而可以对该生物样品当前状态的基因表达状况有全局了解。对不同阶段或部位生物样品的转录组进行 比较分析，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化，针对关键基因则可以进行代谢通路（Pathway）的构建。目前，生工生物已开展10x单细胞转录组测序（scRNA-seq）服务，如果正好您有需要，那就快快来call我们吧！转录组高通量测序应用

生工人线粒体基因组测序（多重扩增法），项目介绍：生工生物高通量测序部采用多重扩增技术，对人线粒体基因组进行扩增捕获，并进一步采用Illumina测序平台进行高通量测序。该技术方案可以快速扩增到几乎线粒体全长，并进行高深度测序，下游提供常规比对筛查突变等生物信息分析。客户提供样品类型：1.人来源DNA，浓度大于1ng/ul，总量大于20ng，以Qubit检测结果为准2.运输条件：冰袋运输。交付信息：1.测序原始数据交付实验报告2.测序原始数据3.突变分析结果。上海宏全基因组高通量测序服务PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长，平均可达10 kb以上。

单细胞转录组测序中，制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢？单细胞悬液质控要求：•细胞浓度：700-1200cells/µl；•细胞活率>80%（当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理）；细胞团及碎片杂质<5%（无细胞粘连，无明显的细胞碎片和细胞团，并保证细胞的完整性）；•细胞状态：细胞直径在7-40um之间（细胞直径过大则建议进行抽核处理）；•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。

生工其他PCR产物测序，项目介绍：随着基因编辑技术（尤其是CRISPR-cas9技术）的发展，科研人员使用传统的Sanger测序无法快速有效鉴定基因编辑效率。但是，通过对靶基因区域附近设计引物，进行PCR扩增，并对PCR产物进行高通量测序，可以快速高效的获得目标区域的突变频率信息，尤其是对低频突变的检测效果远远优于一代测序，性价比极高。总DNA 或者包装完好的原始样品（如土壤、粪便、 水体和口腔物）；样品名称清晰，冷藏运输。如有对照与实验样品的区分，标明正常样品与实验样品，如有分组，详细描述分组分析信息，以及分组比较的分析需求信息。DNA样品请提供电泳胶图，浓度>20 ng/μl，总量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA，可冰袋运输，不超过3天。

生工高通量测序样品要求，RNA样品：请提供浓度≥750 ng/μl、总量≥2μg的总RNA样品，样品请去蛋白并进行DNase处理;请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上QC数据，可以是电泳胶图、分光光度值、Nanodrop仪器检测数据或者Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等;一般情况下，转录组测序需要Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥7;小RNA测测序不可采用常规柱式总RNA提取试剂盒，可选择传统总RNA提取法（如乙醇沉淀、异丙醇沉淀等）或者选用专门的小RNA提取试剂盒;寄送RNA样品请置于1.5 ml离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。16s高通量测序项目

RNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好，并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里，并旋紧盖子。转录组高通量测序应用

单细胞悬液质检方法，在进行单细胞悬液质检时，需要用到以下两大质检利器的辅助：荧光细胞计数仪（主要使用台盼蓝和双荧光AO/PI染色法）进行质检。首先我们先要了解一下细胞质检时染料染色的原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。荧光细胞计数仪检测结果可以让我们直观的看到：细胞浓度（总细胞，活细胞，死细胞）、细胞存活率（台盼蓝和双荧光AO/PI染色）、细胞平均直径、细胞聚团率、细胞直径分布等结果的展示。转录组高通量测序应用

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