基因组高通量测序

KBSeq全质粒测序跟一代测序相比有什么优点呢？一代测序：1.数据质量，套峰，双峰等情况，需要人工分析校对。2.测序长度，1 kb。3.成本，低。4.样本用量，100 ng。5.精确度，70-90%。6.测序能力，需要测序引物，只能测测序引物间的片段序列。7.通量低，（与读长有关）。8.实验周期，如果片段长度超过5K，测通可能需要15天左右。对于测序长度较长，如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间，而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天，就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少，比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl，如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的，KBSeq就更为适合了。使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。基因组高通量测序

生工高通量测序样品要求，RNA样品：请提供浓度≥750 ng/μl、总量≥2μg的总RNA样品，样品请去蛋白并进行DNase处理;请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上QC数据，可以是电泳胶图、分光光度值、Nanodrop仪器检测数据或者Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等;一般情况下，转录组测序需要Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥7;小RNA测测序不可采用常规柱式总RNA提取试剂盒，可选择传统总RNA提取法（如乙醇沉淀、异丙醇沉淀等）或者选用专门的小RNA提取试剂盒;寄送RNA样品请置于1.5 ml离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。多重PCR高通量测序原理KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少。

生工CHIP-Seq，项目介绍：CHIP-SEQ 技术，即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序，可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布，得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq 的原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 的所属片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA的片段进行高通量测序，将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。

2021年11月1日，在这个平凡而又特殊的日子里，生工生物高通量测序部迎来了一位新成员——10xGenomics Chromium X！不要看我们个头小，我们可是百万级单细胞捕获神器吆。X是如何实现单次运行有这么高的吞吐量呢？多通道+高捕获+10x的CellPlex多样本混样技术。X仪器本身有16个通道（Controller为8通道），每个通道比较多捕获20000个细胞（Controller为10000个细胞）。再结合10x的CellPlex多样本混样技术，每个通道比较多可捕获60,000个细胞，去除双细胞率后，每张芯片比较多可捕获750,000个单细胞。请合理安排样品寄送时间，避免样本在周六、周日或法定节假日到达生工生物。

简化基因组测序，项目介绍：通过限制性内切酶对基因组DNA进行酶切，并对酶切片段进行高通量测序，这种通过酶切降低基因组的复杂度的测序技术统称为简化基因 组测序技术。利用生物信息学方法，进行SNP单体型图谱绘制，全基因组关联分析（GWAS），连锁分析和QTL定位分析，种群进化，主成分分析等。比较有代表性的方法有GBS-seq和RAD-seq。宏全基因组测序，项目介绍：宏基因组指特定环境样品内全部遗传物质的总和。直接提取环境样品内全部基因组DNA，随后进行大规模高通量测序（shotgun 策 略）。测到数据后，先进行必要的数据质控，而后进行基因组拼接、注释（物种、基因功能），使得我们可以获取环境样品内菌群分布、系统进化、功能代谢等信息。该方法已经得到普遍的运用。于微生物样品，请客户如实声明所属物种，对于可能致病的微生物，生工保留拒收的权利。上海16s高通量测序测序

PacBio Sequel/RSII 该测序平台主要承接细菌基因组完成图测序、fungus基因组精细图测序、全长转录本测序服务。基因组高通量测序

单细胞转录组测序中，制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢？单细胞悬液质控要求：•细胞浓度：700-1200cells/µl；•细胞活率>80%（当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理）；细胞团及碎片杂质<5%（无细胞粘连，无明显的细胞碎片和细胞团，并保证细胞的完整性）；•细胞状态：细胞直径在7-40um之间（细胞直径过大则建议进行抽核处理）；•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。基因组高通量测序

生工生物工程（上海）股份有限公司是一家有着雄厚实力背景、信誉可靠、励精图治、展望未来、有梦想有目标，有组织有体系的公司，坚持于带领员工在未来的道路上大放光明，携手共画蓝图，在上海市等地区的医药健康行业中积累了大批忠诚的客户粉丝源，也收获了良好的用户口碑，为公司的发展奠定的良好的行业基础，也希望未来公司能成为*****，努力为行业领域的发展奉献出自己的一份力量，我们相信精益求精的工作态度和不断的完善创新理念以及自强不息，斗志昂扬的的企业精神将**生工生物工程供应和您一起携手步入辉煌，共创佳绩，一直以来，公司贯彻执行科学管理、创新发展、诚实守信的方针，员工精诚努力，协同奋取，以品质、服务来赢得市场，我们一直在路上！