上海地区高通量测序

通过显微镜使用血球计数板质检能观察到悬液背景质量和细胞数目及活性的评估。让我们再来回顾一下台盼蓝染色原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。怎样通过血球计数板进行质检操作呢？将血球计数板擦拭干净，取干净的盖玻片盖在计数板上；将细胞悬液混匀（或10µl台盼蓝+10µl细胞悬液），吸出10µl悬液至计数板上盖玻片的一侧使细胞核悬液铺满盖玻片和计数板之间；在显微镜下分别对V1/V2/V3/V4四个计数区域进行计数；按细胞计数公式进行计算，计算公式：细胞总数={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*悬液体积*稀释倍数，V1/V2/V3/V4为各个计数区的细胞数目，细胞活率=活细胞数目/总细胞数目*100%。RNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好，并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里，并旋紧盖子。上海地区高通量测序

简化基因组测序，项目介绍：通过限制性内切酶对基因组DNA进行酶切，并对酶切片段进行高通量测序，这种通过酶切降低基因组的复杂度的测序技术统称为简化基因 组测序技术。利用生物信息学方法，进行SNP单体型图谱绘制，全基因组关联分析（GWAS），连锁分析和QTL定位分析，种群进化，主成分分析等。比较有代表性的方法有GBS-seq和RAD-seq。宏全基因组测序，项目介绍：宏基因组指特定环境样品内全部遗传物质的总和。直接提取环境样品内全部基因组DNA，随后进行大规模高通量测序（shotgun 策 略）。测到数据后，先进行必要的数据质控，而后进行基因组拼接、注释（物种、基因功能），使得我们可以获取环境样品内菌群分布、系统进化、功能代谢等信息。该方法已经得到普遍的运用。上海地区高通量测序如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。

真核/原核无参mRNA-Seq，项目介绍；测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据质控后进行拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、CDD、CDS分析，SNP分析，SSR标记开发等分析。在计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。

单细胞转录组测序中，制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢？单细胞悬液质控要求：•细胞浓度：700-1200cells/µl；•细胞活率>80%（当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理）；细胞团及碎片杂质<5%（无细胞粘连，无明显的细胞碎片和细胞团，并保证细胞的完整性）；•细胞状态：细胞直径在7-40um之间（细胞直径过大则建议进行抽核处理）；•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。现在也有学者为了区分传统测序和单细胞测序的区别，将传统方法称为批量测序。

真核/原核有参mRNA-Seq，项目介绍：转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的gather，狭义上指所有mRNA的gather。转录组是研究基因表达的主要手段，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体重要的调控方式，通过转录组测序分析转录水平的调控，是目前运用较多的研究方式。测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据经过质控后，mapping至参考基因组序列，对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。如果问现在什么技术是测序届的宠儿，那么单细胞测序则是我们不得不提及的技术了。上海地区高通量测序

目前，生工生物已开展10x单细胞转录组测序（scRNA-seq）服务，如果正好您有需要，那就快快来call我们吧！上海地区高通量测序

AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一种小分子染料，可以通过完整的细胞膜，嵌入所有细胞（活细胞和死细胞）的细胞核，呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）只能通过不完整的细胞膜，即死细胞的细胞膜，嵌入所有死细胞的细胞核，呈现红色荧光，通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞，这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。荧光细胞计数仪检测结果可以让我们直观的看到：细胞浓度（总细胞，活细胞，死细胞）、细胞存活率（台盼蓝和双荧光AO/PI染色）、细胞平均直径、细胞聚团率、细胞直径分布等结果的展示。上海地区高通量测序

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