上海地区16s高通量测序原理

细胞质检时染料染色的原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一种小分子染料，可以通过完整的细胞膜，嵌入所有细胞（活细胞和死细胞）的细胞核，呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）只能通过不完整的细胞膜，即死细胞的细胞膜，嵌入所有死细胞的细胞核，呈现红色荧光，通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞，这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。特别申明：不能采用过柱离心的方法提取总RNA。上海地区16s高通量测序原理

真核/原核有参mRNA-Seq，项目介绍：转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的gather，狭义上指所有mRNA的gather。转录组是研究基因表达的主要手段，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体重要的调控方式，通过转录组测序分析转录水平的调控，是目前运用较多的研究方式。测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据经过质控后，mapping至参考基因组序列，对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。生工生物 高通量测序平台于微生物样品，请客户如实声明所属物种，对于可能致病的微生物，生工保留拒收的权利。

RNA样品：1.请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上电泳胶图或者 Agilent Bioanalyzer 仪器检测数据等；2.对于普通转录组样品，请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品，样品请去蛋白并进行 DNase处理；一般情况下，普通转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280为 2.0~2.2，Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8；对于全长转录组测序样品（ISO-seq）,请提供浓度大于200 ng/ul，总量大于5 μg的总RNA样品。样品请去蛋白并进行 DNase 处理；全长转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2，2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8.5；

转录组测序，项目介绍：RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的 RNA 并进行 mRNA 富集，然后反转录为 cDNA 后进行新一代高通量测序，在此基础上进行短片段拼接组装，从而获得一个个单独转录本，进而可以对该生物样品当前状态的基因表达状况有全局了解。对不同阶段或部位生物样品的转录组进行 比较分析，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化，针对关键基因则可以进行代谢通路（Pathway）的构建。准确、迅速，可以说是KBSeq的代名词了。

使用显微镜进行悬液质检操作时应注意：1.使用血球计数板时，可以提前镜检观察每小格计数室内是否洁净无杂质。若有杂质灰层，则需要多次清洗，直至计数室洁净无瑕；2.质检前将悬液轻微震荡或使用扩口gun头吹打混匀；3.台盼蓝染色后需要尽快完成细胞计数，一般建议不要超过10分钟；4.如果方格中细胞数目过多，难以数清，应当对细胞悬液进行稀释以便于计数；5.对于压在方格界线上的细胞应当计数同侧相邻两边上的细胞数，一般可采取“数上线不数下线，数左线不数右线”的原则处理，另两边不计数。生工生物接受客户自备文库测序项目。上海靶向捕获高通量测序项目

KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少。上海地区16s高通量测序原理

生工人线粒体基因组测序（多重扩增法），项目介绍：生工生物高通量测序部采用多重扩增技术，对人线粒体基因组进行扩增捕获，并进一步采用Illumina测序平台进行高通量测序。该技术方案可以快速扩增到几乎线粒体全长，并进行高深度测序，下游提供常规比对筛查突变等生物信息分析。客户提供样品类型：1.人来源DNA，浓度大于1ng/ul，总量大于20ng，以Qubit检测结果为准2.运输条件：冰袋运输。交付信息：1.测序原始数据交付实验报告2.测序原始数据3.突变分析结果。上海地区16s高通量测序原理

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