羟甲基化测序高通量测序测序

时间:2022年10月11日 来源:

生工CHIP-Seq,项目介绍:CHIP-SEQ 技术,即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具,还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序,可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布,得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq 的原理:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 的所属片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA的片段进行高通量测序,将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。KBSeq全质粒测序对于样本的量,要求的也比较少。羟甲基化测序高通量测序测序

单细胞测序是什么?单细胞测序是基于高通量测序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,检测群体中单细胞基因组、单细胞转录组、单细胞表观基因组及单细胞蛋白组,提供细胞间差异的高分辨率视图,从分子水平揭示细胞奥秘。单细胞转录组测序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析的技术。单细胞转录组测序能获得单个细胞内近万个基因的表达信息,为辨别生物组织中各种细胞类型的转录组特征和全方面揭示细胞之间基因表达的异质性提供了有力的工具[3]。说到细胞异质性(Cellheterogeneity),就要说到我们为什么要用单细胞测序技术了。上海无参转录组高通量测序如果问现在什么技术是测序届的宠儿,那么单细胞测序则是我们不得不提及的技术了。

单细胞转录组测序中,制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢?单细胞悬液质控要求:•细胞浓度:700-1200cells/µl;•细胞活率>80%(当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理);细胞团及碎片杂质<5%(无细胞粘连,无明显的细胞碎片和细胞团,并保证细胞的完整性);•细胞状态:细胞直径在7-40um之间(细胞直径过大则建议进行抽核处理);•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。

简化基因组测序,项目介绍:通过限制性内切酶对基因组DNA进行酶切,并对酶切片段进行高通量测序,这种通过酶切降低基因组的复杂度的测序技术统称为简化基因 组测序技术。利用生物信息学方法,进行SNP单体型图谱绘制,全基因组关联分析(GWAS),连锁分析和QTL定位分析,种群进化,主成分分析等。比较有代表性的方法有GBS-seq和RAD-seq。宏全基因组测序,项目介绍:宏基因组指特定环境样品内全部遗传物质的总和。直接提取环境样品内全部基因组DNA,随后进行大规模高通量测序(shotgun 策 略)。测到数据后,先进行必要的数据质控,而后进行基因组拼接、注释(物种、基因功能),使得我们可以获取环境样品内菌群分布、系统进化、功能代谢等信息。该方法已经得到普遍的运用。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长,平均可达10 kb以上。

细胞质检时染料染色的原理:台盼蓝染色原理:台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜,故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高,可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一种小分子染料,可以通过完整的细胞膜,嵌入所有细胞(活细胞和死细胞)的细胞核,呈现绿色荧光;碘化丙啶(PI)只能通过不完整的细胞膜,即死细胞的细胞膜,嵌入所有死细胞的细胞核,呈现红色荧光,通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞,这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。DNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好,并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里,并旋紧盖子。上海市宏基因组高通量测序项目

什么是KBSeq全质粒测序?羟甲基化测序高通量测序测序

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