深圳单细胞免疫组库测序

时间:2022年06月04日 来源:

单细胞测序实验再样本细胞上机分选签,需要对细胞数量、细胞活性进行准确判断,这对Single Cell分选标记、建库、下机数据的质量都具有着决定性的作用。如若细胞计数偏高,将会影响建库的成功率;计数偏低,则会显著提高双细胞的比例;而细胞活率过低,就会使测序数据的利用率大打折扣,因此把好单细胞悬液质量这一关尤为重要。而在铺板过程中,由于不同操作人员手法具有不可避免的差异,不同的液体流速将直接影响单细胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody单细胞分选平台配套了专门定制的电动移液器,其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多种操作模式,来对应各种不同的操作。通过已经设定的程序来控制液体的流速,大幅度降低人为操作习惯带来的差异,保证实验操作的一致性。截至2021年10月,烈冰助力发表单细胞测序文章近20篇。深圳单细胞免疫组库测序

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reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中:以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准,每个细胞的reads数大约在50k左右;每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型,例如成熟的B,T,粒细胞数量较多的组织中,由于该类型细胞表达的基因数普遍较少,导致基因中位数下降。而某一疾病组织、或者体外培养的如干细胞等,他们的基因表达数较高,甚至可以超过1万,这就导致该类样本基因中位数非常高。因此,我们对细胞数量以及基因中位数确认时,需要考察实际组织的细胞组成。

单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,首先针对下机数据的质控环节:单细胞测序产生数亿的结果序列,不可避免的会出现低质量的测序结果,存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征,即碱基测序结果的错误率在1% / 0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后第一步的处理结果的准确性,为后续细胞类型鉴定准确和功能分析打下坚实基础。烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。

基于10X Next GEM技术,单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息,结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生、发展的分子机制。 烈冰平台 1/ 1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-10000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据。 2/ 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取V(D)J全长序列的配对信息 3/ 丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。烈冰引进国际主流空间转录组测序平台,提供保留组织内部精细区域的空间信息的转录组测序。温州空间转录组测序

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科研的魅力之处,在于无穷尽的探寻生命的本底,通过单细胞测序,我们对组织的分子基础的研究也从初级到深层,并在单细胞层面逐渐达成一致,那么不禁要问一句,组织的空间位置到底重不重要?空间异质性是不同疾病样本功能的关键特征,细胞的位置信息更能反应细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程。因此时间和空间即像组织的AB面,而不可否认的是,此时空间坐标的记录,像一个还未长大的娃娃,虽未触及分子基础研究的深层,但仍在努力攀登探寻生命本底的下一个高峰。深圳单细胞免疫组库测序

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