烈冰生物单细胞数据分析

据不完全统计，截至2022年6月，烈冰生物助力发表单细胞文章近40篇，从平台应用比例来看，应用10X Genomics和BD Rhapsody两大平台发文比例各占50%左右，研究类型涵盖疾病发展，靶点探索，免疫研究，神经发育，干细胞分化，植物发育，退行病变，糖尿病，COVID-19等等研究；从发表期刊水平来看，烈冰生物联合发表的单细胞文章，CNS一区期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,风湿类领域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇，IF大于10分以上文章占比高达68.5%，烈冰专属单细胞测序服务团队，将与您携手谱写下一篇“高分”新文章。烈冰斥巨资引进Novaseq6000，开启更大通量测序新纪元。烈冰生物单细胞数据分析

您的珍贵样本，可以放心依赖烈冰生物BD Rhapsody单细胞捕获系统，基于BD平台从原理到效率到通量的多重包容性，使得BD平台对实验过程存在的批次效应产生的可能性更小，可在技术、生物学、实验中心和用户之间的样本检测获得一致、可靠的结果，而磁珠的拆分使用和即时存储，可增加实验设计的灵活性，配套的BD Scanner可视化工作流程质控，从细胞铺板前微孔板空板检测，到细胞上样、磁珠上样、磁珠洗涤扫描、细胞裂解、磁珠回收、回收磁珠扫描等全过程，均实现BD Scanner的可视化质控，让您的每个样本在实验端全程无忧。广东BD单细胞多组学测序全线搭建BD Rahpsody单细胞测序平台。

针对单细胞测序的细胞上样数，为什么不建议捕获到的细胞数量越高越好？一味地追求高数量的细胞捕获可能会存在一些问题。例如在上机细胞悬液浓度固定时，如果目标细胞捕获数增加到8000甚至10000，上样细胞悬液体积势必增加，在细胞悬液质量不是很理想（细胞活性<90%、碎片率>5%、结团率均>5%）的情况下，引入的背景信号会增加，分析结果不理想的直接体现包括：cell、non-cell无法有效区分和Fraction reads in cells偏低。当cell和non-cell无法有效区分时，会使得数据出现假阳性和假阴性结果！当目标细胞捕获数很大时，多细胞率会增加，数据分析时，此部分“cell”表现为基因检测数和UMI检测数是正常cell的N倍（N是一个GEM包裹的细胞数），导致所有细胞的统计数据（单个细胞基因检测中位数、单个细胞UMI检测中位数）虚高。此部分“cell”虽然可以通过设置数据分析阈值进行过滤，但是容易会有此类数据的残留和正常高基因检测细胞的人为去除！

对于稀有样本，或细胞量比较少的稀有组织，样本中每一粒细胞都很珍贵，BD Rhapsody单细胞捕获平台对该种类型的样本能实现友好包容，如果在实际实验中，我们发现因为样本类型和制备单细胞悬液方法的不同，容易出现单细胞悬液中死亡细胞的比例较高的情况。也会和您探讨是否考虑去除单细胞悬液中的死细胞和其他污染物的操作，以获得高质量数据是至关重要的。这是因为，死亡的细胞易裂解导致其中的RNA释放出来。这种cell-free RNA会导致检测的背景噪声，并会影响单细胞数据的质量。因此当样本活性较差时，对细胞悬液中细胞活性检测后，需要进行一般死细胞去除的工作（一般悬液活性小于70%时考虑此操作），以保证较高的上机捕获细胞的质量。烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。

对于单细胞测序而言，常常需要先构建细胞图谱，在此基础上再开展后续各项分析，并且数据分析时以细胞聚类（cell cluster）为讨论对象，而不是像常规Bulk测序一样以组别为分析对象，因此单细胞测序项目对样本入组要求没有Bulk测序那样严格，但是单细胞测序，特别是目的为图谱研究时，需要通过提高样本复杂度（增加样本数），尽可能的构建某一疾病类型、群体细胞图谱信息。因此，单细胞测序实验设计时首先需要保证生物学重复，不同样本来源的样本建议单独进行细胞解离和捕获、建库、测序，以保证捕获到足够的细胞数，单个样本分别捕获细胞时，后续分析除了整体分析以外，还可以做单样本分析，保证分析的完备准确性。单细胞测序平台，烈冰提供高性价比服务方案。南京single cell 单细胞测序服务

烈冰科技已建立了多种国际和国内主流的高通量测序实验平台和自主研发国产化实验平台。烈冰生物单细胞数据分析

单细胞测序方法不但改进了实验过程，还帮助科学家在健康和疾病研究的关键领域取得新进展。那些过去从转录平均值或单项参数读取中无法获得的新发现正在改变我们对传染病、神经退行性疾病等疾病的认识。从鉴定新的细胞类型和状态，到揭开疾病用药应答和耐药的潜在机制，单细胞测序正在推动突破性的研究，有望改变生物学和医疗。无论是无法解释的疾病，还是人体或自然界中尚未探索的系统，曾经模糊的东西正变得越来越清晰。随着我们迈向科学的未来，我们手头的工具就像伽利略的望远镜一样能够提高焦距和放大倍数，而定义科学未来的知识新深度是十年前的人们所无法想象的。烈冰生物单细胞数据分析

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