云南BD VDJ单细胞多组学测序

时间:2022年09月07日 来源:

如在现有研究方法基础上,进行特定亚细胞区域的蛋白质组学、相互作用蛋白质组学以及某种特定翻译后修饰类型的蛋白质组学的研究等。这将有助于诸多生化过程以及致病机理的全新认识与发现。随着基于单细胞蛋白质组学质谱研究方法的不断发展,单细胞分析方法的灵敏度、蛋白质的覆盖度、细胞通量、空间分辨率以及多组学的兼容能力会不断突破我们的认知极限。更重要的是,单细胞分析在临床诊断、疾病分型以及细胞发展机制这些重大生命科学领域方面的应用将会越来越大。烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。云南BD VDJ单细胞多组学测序

从单细胞测序描述性分析转向复杂样本中不同细胞类型的功能解析,越来越需要一种多组学的细胞生物学视角。通过单细胞多组学——即对不同组学的数据集进行分析和整合——科学家能够从同一个单细胞来源中检测多种细胞特征。这些特征包括全转录组基因表达、细胞表面蛋白表达、免疫组库序列(包括T细胞和B细胞受体)以及用于了解表观基因组调控的开放染色质区域。随着单个实验可提供更多信息丰富的数据,研究人员的获益更多,包括保留珍贵样本、提高生产力、减少因批次效应引起的错误,并节省更多的高科技资源(从资助基金到人员时间)。北京BD VDJ单细胞平台此外,烈冰开展了单细胞转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案,欢迎垂询。

相对于Smart-Seq技术在细胞数量上的问题,BD平台普遍提供的细胞数量都在1000-10000不等的测序细胞量,特殊研究需求的项目,可提供上限40000个细胞的捕获量(单个样本)。这个量级的测序细胞量已经可以说能够完全覆盖绝大部分组织的SingleCell群体类型。因此,对于基于基因表达进行准确细胞分型上,无论是从细胞数量上来说还是表达检测可靠性来说,都会更实用。此外针对特殊项目研究,如需要捕获和分析脆弱的细胞,如粒细胞、中性粒细胞、CAR-T细胞、干细胞、移植瘤细胞、骨髓瘤细胞等,烈冰生BD平台也有更好的捕获效能,满足您的实际需求。

关于单细胞测序实验样本制备,这与流式细胞术用户熟悉的步骤完全一致,也就是通过酶促或机械消化、细胞分选或其他细胞分离技术从整个样本中制备生成活的单细胞悬液。随后是细胞计数和质量控制步骤,以确保您的样本有适当浓度的活细胞,并且不含细胞团块和死细胞碎片。如有必要,您还可以使用抗体对样本进行染色,标记细胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通过FACS来富集感兴趣的细胞类型。解离样本时采取的具体步骤将根据您的起始材料和实验目标而定。也许需要额外的制备步骤,具体取决于组织质量、样本丰度、细胞大小,以及是否需要提取出细胞核进行染色质可接近性分析。无论具体的考虑因素如何,所有样本类型都遵循同一个基本原则,那就是生成高质量的单细胞悬液。BD平台基于cyto-seq技术,实现细胞和磁珠的一对一结合。

烈冰生物为您的实验定制工作流程:对于不同用户和实验,单细胞实验工作流程往往需要不同程度的样本操作、质量和通量。BD仪器选项可以根据具体需求进行配置。烈冰生物搭建BDFACS流式分选平台(如BDFACSMelody),是上游样本富集的良好选择。此外,我们具备BDRhapsody单细胞成像仪提供自动化细胞计数和细胞样本活性测试,帮助用户制备适用于Cartridge微孔板单细胞捕获浓度的样本。扫描仪提供了微孔板上磁珠捕获细胞的计数。BDRhapsody样品上样工作站轻巧便携,可在实验室内轻松移动。搭配烈冰倾情研发多年的成果NovelBrain生物信息大数据分析系统,完成测序数据的生物信息分析和结果可视化呈现。这些工具包括UMI分析算法和可视化工具,即使没有经验的用户也可分析和理解单细胞数据。十二年测序经验,烈冰生物单细胞多组学领域的佼佼者。烈冰生物单细胞转录组测序

搭建多种测序数据的生物信息分析平台,5000+项目检验,真实可信赖。云南BD VDJ单细胞多组学测序

针对单细胞测序数据分析时的reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中:以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准,每个细胞的reads数大约在50k左右;每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型,例如成熟的B,T,粒细胞数量较多的组织中,由于该类型细胞表达的基因数普遍较少,导致基因中位数下降。而某些疾病组织、或者体外培养的如干细胞等,他们的基因表达数较高,甚至可以超过1W,这就导致该类样本基因中位数非常高。因此,我们对细胞数量以及基因中位数确认时,需要考察实际组织的细胞组成。云南BD VDJ单细胞多组学测序

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