苏州上海烈冰生物空间转录组数据分析可视化

时间:2022年09月11日 来源:

在转录组学领域,空间转录组也开辟了新世界。Nature Methods在今年1月份将空间转录组学评价为2020年度方法,空间转录组方法近几年越来越受到欢迎,它将带领组学在生物学的研究上进入新的阶段。从转录组测序到实现单细胞转录测序,这一过程为精确认识不同细胞类型提供了巨大的帮助。现在,新的空间转录组方法不仅带来转录组信息,同时还提供空间信息,帮研究者更好辨别转录的位置,进一步扩展到单细胞分辨率,这会更大程度提升科学家对单个细胞的认识和解读。自主研发PanoCell单细胞实验测序平台。苏州上海烈冰生物空间转录组数据分析可视化

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机,搭配切片经验丰富的实验团队,可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案,保持密切高效的沟通,设计更适合的实验方案,确保每一个实验细节有效进行;烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统,更高清分辨率解析组织切片原始图像信息,10X,20X,40X,60X更多物镜选择,为不同大小的样本提供更清晰的图像,更精细的图像信息采集、拼接策略,为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像;上海烈冰空间转录组多组学测序测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异。

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境,将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。

冰冻切片的空间转录组测序在RNA捕获、文库构建方面,需要将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上,通过甲醛固定、H&E染色得到组织切片的形态结构。再进行透化处理,使细胞中的mRNA释放,并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序,从而获取基因表达信息。总体来说,空间转录组的实验流程包括:组织冻存-OCT包埋-冷冻切片-固定染色-组织透化-cDNA合成及建库-上机测序,而需要客户进行样本准备的步骤相对简单:组织冻存与OCT包埋。空间转录组测序数据分析,认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业,为科研学者提供专注的测序数据分析服务,先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来,烈冰依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台,为用户提供一站式全流程的空间转录组测序服务和解决方案。烈冰经过十几年的经历,已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种,皮肤、脑、胰腺、脂肪、心脏、花序等50+组织类型,100+细胞类型,1000+靶标基因,10000+样本处理经验。截至2021年10月,烈冰助力发表空间转录组测序文章近20篇。南京BD Rhapsody空间转录组技术支持

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作为2019年的明星技术之一,10x Genomics单细胞测序凭借其高通量、低成本、易操作、稳定性高等优势一直保持着高热度,目前利用该平台发表的文章已达500多篇。空间转录组技术优势:实现基因表达数据与空间定位信息的结合,解析多种类型组织切片样本中基因表达谱;无需组织解离,保留组织结构及细胞微环境,鉴定异质性组织中细胞类型,避免相关偏好性;可用于挖掘新的组织生物标记物;可与现行实验室组织分析方法轻松对接,短时间内即可完成切片及文库制备流程。苏州上海烈冰生物空间转录组数据分析可视化

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