西安烈冰空间转录组测序

时间:2022年09月11日 来源:

空间组学可以应用的方向:1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性:对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2.建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的,空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外,其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有:人:心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠:大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢,四头肌、小肠、脾胜、胃、翠丸、甲状腺、舌头大鼠:大脑、肾脏、心脏烈冰空间转录组,多平台任意选择,随心组合,优化您的科学研究,助力探索新的科学视角。西安烈冰空间转录组测序

空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是指在组织切片上完成,保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激发的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新,对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发,免疫治等新兴领域都具有重要作用。当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时,通过透化处理,细胞内的mRNA释放出来,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序,可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。宁波高通量测序空间转录组数据分析可视化烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。

空间转录组测序在病理学中,通过添加基因表达维度,得出形态学结论,通过观察基因表达区域,了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学,研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征;免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析; 在神经科学,研究大脑皮层层状组织解析,揭示大脑皮层的结构-功能关系,正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层; 在发育生物学,通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征,解析组织中与形态形成相关基因;丰富基因表达的空间注释信息,创建组织发育的空间细胞图谱。

10XVisium的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息;组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序,记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下:A、切片制备和优化:取新鲜组织、冷冻、切片,并进行HE染色成像,优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化:将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,并进行固定和透化,使细胞中的mRNA得到释放,并结合到相应的捕获探针上,从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建:以捕获的RNA为模板,进行cDNA合成,和测序文库制备。D、高通量上机测序:对制备好的测序文库,进行二代高通量短读长测序。E、数据可视化分析:结合HE结果,确定哪些基因有表达,表达量高低,以及这些基因的空间位置信息烈冰测序服务已助力300余篇国际主流期刊研究文章发表。

空间转录组技术流程:1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同,在正式开展空间转录组测序实验前,需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域,每个区域均覆盖了荧光标记探针,可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA,随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后,即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。助力探索生命时空多维度的动态变化的生物学信息;助力生命健康医疗大时代!宁波烈冰生物空间转录组测序服务

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单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境,将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。西安烈冰空间转录组测序

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