南京BD Rhapsody单细胞多组学服务机构

时间:2022年09月16日 来源:

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。在单细胞水平上的多组学分析能够为研究组提供前所未有的临床和科研大数据。南京BD Rhapsody单细胞多组学服务机构

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。上海烈冰科技单细胞多组学数据分析烈冰专精单细胞多组学测序领域。

多样本数据合并:FractionofReadsKept:合并样本时,各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大,需要进行Downsample处理,以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平,从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据,深入解读数据分析结果,深入挖掘其背后的生物学意义;从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究,加速科研进程!

烈冰生物生信分析团队紧追国际前沿、整合添加多项国际期刊认可的空转分析工具,构建一套完整的数据分析流程;精心研发空转结果浏览器,可同步展示空间转录组与单细胞测序分析结果,详细深入地解析空间转录组数据。完成从Rawdata(原始数据)到Spot-Gene的具有定位信息的表达矩阵的过程后,就进入了空转的第二步,去进行Spot的Cluster的过程,熟悉单细胞测序的研究者知道,Cluster在单细胞测序中往往表示为细胞的类型,也就是说能聚在一起采用算法分为一个群体细胞是一个Celltype(当然分情况也会有不同)。而在空转中,也正是由于前面提到了细胞的非单一性,导致了这里的分群并不是单纯的同一细胞类型,而应该认为是具有相同细胞组成的点阵区域,或者说是近似的组织结构区域。单细胞多组学的研究对生物标志物的发现,细胞分化发育研究等均有重要意义。

单细胞测序技术的不断发展解决了以往群体细胞组学分析面临的两个瓶颈:一是大量细胞的混合测序会掩盖细胞间的异质性;二是传统的测序技术需要大量的细胞作为起始,细胞数目稀有的样品则难以研究.利用单细胞测序方法不仅能够揭示组织中的细胞类型和稀有亚群、细胞状态和命运的变化,还可以研究细胞数稀有的珍贵样品,从而帮助人们理解发育、衰老和疾病发展的机制。随着单细胞转录组、基因组、表观遗传组、蛋白组等各组学测序技术的快速发展,研究者开始将它们相互组合,使得单个细胞或同类细胞的多个组学数据能够联合分析.因此,利用单细胞多组学技术能够更有效地研究细胞在特定时空状态下各组学间的复杂联系,从而揭示细胞状态和命运调控的分子机制。单细胞多组学测序技术已应用于心肌再生领域。南京烈冰单细胞多组学测序

单细胞多组学测序技术是在单细胞分辨率下精确分析细胞异质性和基因调控网络的新技术。南京BD Rhapsody单细胞多组学服务机构

从单细胞测序描述性分析转向复杂样本中不同细胞类型的功能解析,越来越需要一种多组学的细胞生物学视角。通过单细胞多组学——即对不同组学的数据集进行分析和整合——科学家能够从同一个单细胞来源中检测多种细胞特征。这些特征包括全转录组基因表达、细胞表面蛋白表达、免疫组库序列(包括T细胞和B细胞受体)以及用于了解表观基因组调控的开放染色质区域。随着单个实验可提供更多信息丰富的数据,研究人员的获益更多,包括保留珍贵样本、提高生产力、减少因批次效应引起的错误,并节省更多的高科技资源(从资助基金到人员时间)。单细胞测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系,一度成为高通量测序技术的“天花板”。南京BD Rhapsody单细胞多组学服务机构

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