无锡烈冰科技空间转录组测序服务公司

机体为响应各种应激，其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”；当细胞在不同状态之间转变时，往往会经历转录重组，导致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“唤醒”，但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的；scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析，即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育，但这里的时间并不是真时间，而是一个虚拟的时间，是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中，也会存在多种不同的细胞形态。因此，不论测定了多少样本，我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。烈冰测序服务已助力300余篇国际主流期刊研究文章发表。无锡烈冰科技空间转录组测序服务公司

相比于常规的测序手段，空间转录组测序有几个明显的优势：1.将转录组信息与空间信息对应，体现组织内部的异质性：每个区域独特的条形码使测序结果与空间位置形成一一对应关系。虽然暂时还无法精细到单细胞层面，但是这样的区域划分也已经足以展现出组织内部不同区域间的转录组差异。2.不影响对全组织进行分析：芯片上捕获的全转录组在同一个反应中完成测序，能有效降低多次重复实验中的误差。测序结果如果不按照条形码归类，则直接体现的是切片全组织的转录组情况，无需再做单独检测。3.为进一步的研究提供指导意见：常规的转录组测序，对后续实验的指导仍然停留在全组织层面。而空间转录组测序则可以标识出更有价值的研究区域，引导研究者将组织进一步细分。苏州烈冰生物空间转录组测序全线搭建10x Genomics空间转录组测序平台。

为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly（dA）序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针（RTL）与mRNA杂交。左侧探针（LHS）具有部分Read 2序列，右侧探针（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。组织透化后，被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕获，并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上，UMI用于基因表达定量。

当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时，通过透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。Visium空间转录组的重点在于芯片部分：正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mmX6.5mm，可以检测4个样本）每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点（barcodedspots）每个spot直径55μm，每个spot能捕获1-10个细胞spot与spot中心点之间的距离为100μm每个spot含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针，每个探针上都带有独特的spatialbarcodes，用以标记捕获的mRNA的空间位置。空间转录组测序机构，请认准上海烈冰生物科技。

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；空间转录组测序，上海烈冰生物科技很靠谱。无锡烈冰科技空间转录组测序服务公司

空间转录组测序技术提供了空间转录组水平下的科学研究视角。无锡烈冰科技空间转录组测序服务公司

空间转录组数据可以用单细胞转录组数据的分析策略进行分析，例如，利用GO和Pathway分析筛选不同发育时期特定空间区域内的信号通路及其关键基因的较大情况，揭示在特定发育时期特定区域内发生的生物学过程。针对任何一个基因，空间转录组可以显示表达该基因的点阵及其空间排布；单细胞转录组可以给出该基因表达的细胞类群；原位测序可以给出该基因在细胞内的表达状况。通过不同发育时间点的信息比较，可以分析细胞类群在某个部位在不同时间点的差异，给出其在细胞内的真实的演变状况。无锡烈冰科技空间转录组测序服务公司

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