甘肃服务表观遗传组测序案例

ChIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。ctDNA甲基化与ai症发展各时期关系密切，特别是ai症早期。甘肃服务表观遗传组测序案例

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情，与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检，ctDNA 测序对患者的伤害小，且可以多次、实时地进行提取检测，在临床运用上具有极大的优势，有助于ai症的早发现、早医治，被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势，在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年，已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市中国台湾云序表观遗传组测序ctDNA特指来源于tumsour细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。

为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定，再裂解细胞，超声断裂 DNA，将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上，再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来，之后将 DNA 与蛋白解离，将 DNA的片段补平，加 A，加接头，进行高通量测序。 然而，由于 ChIP-Seq 实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制，常规 ChIP-Seq 实验需要大量细胞，且实验重复性差、信噪比低。

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。cfDNA是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段。

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估。宁夏云序生物表观遗传组测序案例

ctDNA甲基化不但可以作为tumsour分子标志物，还可用于追溯tumsour细胞的组织来源。甘肃服务表观遗传组测序案例

EM-seq 的优势相比于传统的WGBS 拥有多种优势： DNA 测序文库质量高、所需 DNA 起始量小 相比于WGBS，EM-seq 对 DNA 的损伤小，因此可以用更少 DNA 样品、更少的 PCR 轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的 EM-seq 服务，所需的 DNA 起始量可低至10ng。 DNA 文库的插入片段更长、更完整 相比于WGBS，EM-seq 处理后的 DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的 GC 覆盖均一性 无论 GC 程度高低，EM-seq 的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS 测序文库高估了 AT 区，却低估了 GC 区，造成“GC 覆盖度偏误”。甘肃服务表观遗传组测序案例