上海地区靶向捕获高通量测序高通量

IlluminaHiSeq2500/4000可以运行PE150/PE250模式，可以承担转录组测序、人基因组重测序、外显子捕获测序、宏基因组测序、微生物分类测序等服务；IlluminaMiSeq运行PE300模式，可以承担细菌基因组重测序/Denovo测序、微生物分类测序、扩增子测序、核酸适配体测序等服务；LifeIontorrentPGM运行314、316、318芯片，可以承接扩增子测序、靶区域测序、基因组重测序服务；PacBioSequel/RSII该测序平台读长超长，平均可达10kb以上，主要承接细菌基因组完成图测序、***基因组精细图测序、全长转录本测序等服务；如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。上海地区靶向捕获高通量测序高通量

单细胞测序技术的应用：单细胞测序技术可以检测复杂组织中单个细胞不同的生物学特性，这可以极大的帮助我们进一步了解细胞与细胞之间的差异。"这几乎就像通过几颗星星看到了整个宇宙。"哈佛大学分子和细胞生物学教授 Alexander Schier的这句话应用在这里也是很合适了。这幅图正是来自于在2018年4月 Science 杂志发表的三篇[8-10]来自哈佛医学院和哈佛大学的研究人员关于单细胞基因测序文章中的一幅结果图，Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。这几篇文章使用多种检测技术组合，其中包括对数千个发育中的斑马鱼和青蛙胚胎单细胞测序，在胚胎发育建议初的24小时内追踪单个细胞的发育情况，可以揭示出胚胎细胞何时何地转变为新的细胞状态和类型并向我们展示了组织和整个机体从单细胞发育的完整历程。上海地区靶向捕获高通量测序高通量组织材料样品（提取RNA用）建议将标签用胶带贴到管壁，干冰运输。

对于细胞样品，送样量需达到 5 × 106（5乘10的6次方）数量级。富集后置于 2 ml Ep管中，用 1 ml TRIzol 重悬，注意取样后立即用液氮或干冰乙醇速冻，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰中用保温箱寄送。强烈建议细胞样品先做细胞鉴定及支原体/衣原体污染之后，再送出来。对于血液样本，只接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠，可用EDTA或ACD抗凝剂，取血后以冰袋保存，切记不能使血液冻结，从取血之时开始计算，须在48小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本，则请提供从血液中提取的总RNA样本。备样要求详见B、RNA 样品。

真核/原核有参mRNA-Seq，项目介绍：转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的gather，狭义上指所有mRNA的gather。转录组是研究基因表达的主要手段，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体重要的调控方式，通过转录组测序分析转录水平的调控，是目前运用较多的研究方式。测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据经过质控后，mapping至参考基因组序列，对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。生工高通量测序部拥有丰富的样品处理经验，日均处理样品200余例。

RNA样品：1.请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上电泳胶图或者 Agilent Bioanalyzer 仪器检测数据等；2.对于普通转录组样品，请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品，样品请去蛋白并进行 DNase处理；一般情况下，普通转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280为 2.0~2.2，Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8；对于全长转录组测序样品（ISO-seq）,请提供浓度大于200 ng/ul，总量大于5 μg的总RNA样品。样品请去蛋白并进行 DNase 处理；全长转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2，2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8.5；如果问现在什么技术是测序届的宠儿，那么单细胞测序则是我们不得不提及的技术了。上海市微生物高通量测序平台

如果你的样品是质粒或者是菌液，那为什么不试试我们的KBSeq呢？上海地区靶向捕获高通量测序高通量

KBSeq全质粒测序跟一代测序相比有什么优点呢？一代测序：1.数据质量，套峰，双峰等情况，需要人工分析校对。2.测序长度，1 kb。3.成本，低。4.样本用量，100 ng。5.精确度，70-90%。6.测序能力，需要测序引物，只能测测序引物间的片段序列。7.通量低，（与读长有关）。8.实验周期，如果片段长度超过5K，测通可能需要15天左右。对于测序长度较长，如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间，而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天，就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少，比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl，如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的，KBSeq就更为适合了。上海地区靶向捕获高通量测序高通量

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