上海转录组高通量测序应用

生工高通量测序样品要求，组织/细胞样品：请使用新鲜取样的实验材料，当场分成小块后立即用液氮或干冰乙醇速冻，保存于-80°C冰箱，用足量的干冰（根据经验，在秋冬季节，如果打包合适，3公斤块状干冰可以维持30-40小时）寄送;于微生物样品，请客户如实声明所属物种，对于可能致病的微生物，生工保留拒收的权利;对于需要进行RNA抽提的样品，可以但不建议将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送，具体情况请先取得沟通。生物信息分析经验丰富，可以满足客户标准分析到定制分析作图的需求。上海转录组高通量测序应用

small RNA测序，项目简介：Small RNA是一类重要的体内调节分子，长度在18-30 nt之间，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，从而调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量，从而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据质控后，进行Clean reads 长度分布统计，small RNA注释，已知 miRNA 注释，已知piRNA注释，ncRNA分析，新 miRNA 预测（有参考基因组），差异基因可视化分析，miRNA 家族分析，差异表达 miRNA 聚类分析，miRNA靶基因预测，靶基因GO、KEGG富集分析。上海转录组高通量测序应用Illumina HiSeq2500/4000 可以运行PE150/PE250模式。

KBSeq全质粒测序跟一代测序相比有什么优点呢？一代测序：1.数据质量，套峰，双峰等情况，需要人工分析校对。2.测序长度，1 kb。3.成本，低。4.样本用量，100 ng。5.精确度，70-90%。6.测序能力，需要测序引物，只能测测序引物间的片段序列。7.通量低，（与读长有关）。8.实验周期，如果片段长度超过5K，测通可能需要15天左右。对于测序长度较长，如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间，而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天，就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少，比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl，如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的，KBSeq就更为适合了。

生工高通量测序样品要求，环境样品：如果是新鲜土壤/污泥样品，可以以冰袋运输，不超过3天;如果是冻存过的样品（-20°C或者-80°C冰箱保存），为避免反复冻融，建议用足量的干冰（根据经验，在秋冬季节，如果打包合适，3公斤块状干冰可以维持30-40小时）寄送;如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。生工不负责过滤。要求滤膜3张，冰袋运输，不超过3天。其余特殊环境样品，具体咨询生工高通量测序部。

DNA样品：请提供电泳胶图，浓度>20 ng/μl，总量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA，可冰袋运输，不超过3天。 高通量测序技术是可以平行对数百万甚至数十亿条序列测序的技术。

样本寄送时，请将填写完整的纸质版《高通量测序送样表》密封于塑料袋内，随样本一起寄出，纸质版的样本信息单用于样本接收人员在收到样本后及时并正确的保存并录入样本，如无纸质版的样本信息单可能会延误项目周期；样本管壁或管盖上标明的样本名称需要与《高通量测序送样表》里样本名称一致，这样可以避免我们收到样本后与您确认样本编号而耽误样本质检、提取实验；如有特殊情况，请在《高通量测序送样表》中注明；样品编号请避免使用中文、罗马数字、“-”以及特殊符号标示，避免分析的时候系统无法识别，导致分析无法完成；我们分析人员建议编号可以采用英文字母与阿拉伯数字结合的形式，字符比较好不要过长，避免绘制部分分析图的时候难以全部展示。小RNA测测序不可采用常规柱式总RNA提取试剂盒。上海转录组高通量测序应用

单细胞测序技术可以检测复杂组织中单个细胞不同的生物学特性.上海转录组高通量测序应用

土壤样本请置于2 mL离心管里（多准备几管备用），为保护样本管，样本管置于保护用的50 mL离心管或其他类似容器里，并旋紧盖子；如常温采的样品，可以采用蓝冰运输；如果是高温发酵罐或者样品已经冻存-80°C，需要用足量干冰运输； DNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好，并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里，并旋紧盖子；蓝冰运输；RNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好，并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里，并旋紧盖子；用足量干冰运输。 上海转录组高通量测序应用

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