上海高通量测序高通量

时间:2022年08月30日 来源:

生工高通量测序样品要求,RNA样品:请提供浓度≥750 ng/μl、总量≥2μg的总RNA样品,样品请去蛋白并进行DNase处理;请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上QC数据,可以是电泳胶图、分光光度值、Nanodrop仪器检测数据或者Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等;一般情况下,转录组测序需要Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的总RNA 28S:18S≥1,RIN≥7;小RNA测测序不可采用常规柱式总RNA提取试剂盒,可选择传统总RNA提取法(如乙醇沉淀、异丙醇沉淀等)或者选用专门的小RNA提取试剂盒;寄送RNA样品请置于1.5 ml离心管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中,再将50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长,平均可达10 kb以上。上海高通量测序高通量

扩增子测序,项目介绍:随着基因编辑技术(尤其是CRISPR-cas9技术)的发展,科研人员使用传统的Sanger测序技术无法快速有效鉴定基因编辑效率。但是,通过对靶基因区域附近设计引物,进行PCR扩增,并对PCR产物进行高通量测序,可以快速高效的获得目标区域的突变频率信息,尤其是对低频突变的检测效果远远优于一代测序,性价比极高。16S全长分类测序,项目介绍:16S全长测序分析主要是对 16S rRNA基因全长进行扩增,基于PacBio 测序平台测序. 相比较二代测序只选择 1-2 个高变区进行测序,三代可以获得全长的 16S 序列,更多变异区信息可以提高物种鉴定的分辨率,还可以提高对于群落组成的鉴定的精度。另外,针对fungus/真核生物,也可以采用类似的办法,扩增ITS/18S全长,进行物种分类测序,提高鉴定精度。无参转录组高通量测序NGS高通量测序技术是可以平行对数百万甚至数十亿条序列测序的技术。

单细胞测序是什么?单细胞测序是基于高通量测序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,检测群体中单细胞基因组、单细胞转录组、单细胞表观基因组及单细胞蛋白组,提供细胞间差异的高分辨率视图,从分子水平揭示细胞奥秘。单细胞转录组测序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析的技术。单细胞转录组测序能获得单个细胞内近万个基因的表达信息,为辨别生物组织中各种细胞类型的转录组特征和全方面揭示细胞之间基因表达的异质性提供了有力的工具[3]。说到细胞异质性(Cellheterogeneity),就要说到我们为什么要用单细胞测序技术了。

2021年11月1日,在这个平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量测序部迎来了一位新成员——10xGenomics Chromium X!不要看我们个头小,我们可是百万级单细胞捕获神器吆。X是如何实现单次运行有这么高的吞吐量呢?多通道+高捕获+10x的CellPlex多样本混样技术。X仪器本身有16个通道(Controller为8通道),每个通道比较多捕获20000个细胞(Controller为10000个细胞)。再结合10x的CellPlex多样本混样技术,每个通道比较多可捕获60,000个细胞,去除双细胞率后,每张芯片比较多可捕获750,000个单细胞。生工生物已开展10x单细胞转录组测序(scRNA-seq)服务,如果正好您有需要,那就快快来call我们吧!

什么是KBSeq全质粒测序?它基于第二代测序技术,一次性对大量质粒(比较多可达6000个样本)进行并行测序,利用生物信息学分析,对数据进行序列组装并获得每一个质粒的完整序列信息。所以我们也称它为,可以部分替代一代测序的高通量测序技术。测序长度:对于测序长度较长,如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间,而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天,就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。样本用量:KBSeq全质粒测序对于样本的量,要求的也比较少,比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl,如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的,KBSeq就更为适合了。DNA样品请用1.5 mL离心管装好并用封口膜封好,并安置于50 mL离心管内或其他类似容器里,并旋紧盖子。上海地区有参转录组高通量测序NGS

一台10xGenomics Chromium X仪器能够在单次运行中分析数百至数十万个细胞,让百万级的细胞研究变得常规。上海高通量测序高通量

微生物基因组重测序(有参):目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术,对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序,精细分析其与参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息。微生物基因组从头测序(无参):对于不断分离培养微生物的客户来说,要确定一个菌株是否是新菌株或者新菌种,较快捷的办法就是,直接进行基因组测序。利用高通量测序技术,对这些基因组进行高深度测序,然后进行基因组组装,获得基因组的框架图或者精细图甚至是完成图。从而可以快速解析其基因组结构、基因功能、进化关系。上海高通量测序高通量

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