上海地区生工高通量测序原理

什么是KBSeq全质粒测序？它基于第二代测序技术，一次性对大量质粒（比较多可达6000个样本）进行并行测序，利用生物信息学分析，对数据进行序列组装并获得每一个质粒的完整序列信息。所以我们也称它为，可以部分替代一代测序的高通量测序技术。测序长度：对于测序长度较长，如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间，而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天，就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。样本用量：KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少，比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl，如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的，KBSeq就更为适合了。准确、迅速，可以说是KBSeq的代名词了。上海地区生工高通量测序原理

AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一种小分子染料，可以通过完整的细胞膜，嵌入所有细胞（活细胞和死细胞）的细胞核，呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）只能通过不完整的细胞膜，即死细胞的细胞膜，嵌入所有死细胞的细胞核，呈现红色荧光，通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞，这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。荧光细胞计数仪检测结果可以让我们直观的看到：细胞浓度（总细胞，活细胞，死细胞）、细胞存活率（台盼蓝和双荧光AO/PI染色）、细胞平均直径、细胞聚团率、细胞直径分布等结果的展示。上海地区SNP高通量测序测序于微生物样品，请客户如实声明所属物种，对于可能致病的微生物，生工保留拒收的权利。

为什么要用单细胞测序技术？细胞是生物体结构和功能的基本单位，在生物体生长发育的过程中，因细胞类型、外界环境以及内部调节因素的不同，其转录组信息也不尽相同。由于基因组和表观遗传的重编程，以及在细胞分裂和分化过程中出现的误差造成来自同一细胞系或个体的细胞呈现出不同的基因组、转录组和表观基因组[4]。这就是我们上面提到的细胞异质性。细胞异质性是生物组织和生物系统的普遍特征[5]。但是我们常规的二代测序检测的是一个细胞群体的基因组、转录组的信息，如培养的大量细胞、动植物组织甚至是整个生物体。在过去的20多年中，人们对转录组的人数仍然局限在群体水平[6]。这种方法可以为我们提供大量的基因组或转录组数据，却无法揭示细胞的异质性。传统方法得到的是细胞群的平均基因组，而单细胞测序测量的是细胞群中单个细胞的基因组[7]。现在也有学者为了区分传统测序和单细胞测序的区别，将传统方法称为批量测序。

单细胞测序是什么？单细胞测序是基于高通量测序（Next-generationsequencingtechnology，NGS）方法，检测群体中单细胞基因组、单细胞转录组、单细胞表观基因组及单细胞蛋白组，提供细胞间差异的高分辨率视图，从分子水平揭示细胞奥秘。单细胞转录组测序（Single-cellRNA-Sequencing，ScRNA-Seq）指在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析的技术。单细胞转录组测序能获得单个细胞内近万个基因的表达信息，为辨别生物组织中各种细胞类型的转录组特征和全方面揭示细胞之间基因表达的异质性提供了有力的工具[3]。说到细胞异质性（Cellheterogeneity)，就要说到我们为什么要用单细胞测序技术了。在运输前将所有样品管集中放于大包装中。

微生物基因组重测序（有参）：目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术，对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序，精细分析其与参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息。微生物基因组从头测序（无参）：对于不断分离培养微生物的客户来说，要确定一个菌株是否是新菌株或者新菌种，较快捷的办法就是，直接进行基因组测序。利用高通量测序技术，对这些基因组进行高深度测序，然后进行基因组组装，获得基因组的框架图或者精细图甚至是完成图。从而可以快速解析其基因组结构、基因功能、进化关系。特别申明：不能采用过柱离心的方法提取总RNA。上海地区SNP高通量测序测序

高通量测序技术是可以平行对数百万甚至数十亿条序列测序的技术。上海地区生工高通量测序原理

单细胞转录组测序中，制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢？单细胞悬液质控要求：•细胞浓度：700-1200cells/µl；•细胞活率>80%（当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理）；细胞团及碎片杂质<5%（无细胞粘连，无明显的细胞碎片和细胞团，并保证细胞的完整性）；•细胞状态：细胞直径在7-40um之间（细胞直径过大则建议进行抽核处理）；•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。上海地区生工高通量测序原理

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