上海市宏全基因组高通量测序技术

全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序，其研究主要包括3个方面：第一种为不参考任何现有序列从头组装测序，是对未知基因组序列的物种进行基因组测序，并综合利用不同测序技术和生物信息学工具对研究物种进行序列拼接和修正，进而获得该物种的基因组序列图谱；第二种为常见的全基因组重测序，是对已知基因组序列的物种进行个体或群体的测序研究，建立一个测序文库进行单个个体或不同个体混合池测序，发现遗传变异标记，进行后续的研究；第三种是在已有参考基因组序列图谱的基础上，对不同品种的具有代表性个体建立多个文库进行全基因组从头组装测序，此方法能够进一步的进行参考基因组的修补和发现短序列比对难以发现的遗传变异。生工生物拥有众多生物信息分析人才，可进行专业的项目分析，为客户提供个性化服务。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长，平均可达10 kb以上。上海市宏全基因组高通量测序技术

生工高通量测序样品要求，环境样品：如果是新鲜土壤/污泥样品，可以以冰袋运输，不超过3天;如果是冻存过的样品（-20°C或者-80°C冰箱保存），为避免反复冻融，建议用足量的干冰（根据经验，在秋冬季节，如果打包合适，3公斤块状干冰可以维持30-40小时）寄送;如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。生工不负责过滤。要求滤膜3张，冰袋运输，不超过3天。其余特殊环境样品，具体咨询生工高通量测序部。

DNA样品：请提供电泳胶图，浓度>20 ng/μl，总量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA，可冰袋运输，不超过3天。 高通量测序NGS单细胞测序技术可以检测复杂组织中单个细胞不同的生物学特性.

生工人、大、小鼠全基因组测序，项目介绍：人或者大、小鼠全部基因组重测序，研究其突变信息（包括SNP/InDel/CNV/SV），并注释突变位点信息。该技术可同时获取编码区及非编码区突变信息，被广泛应用于遗传病、tumour及其它其它疾病研究中。测序平台：HiSeq XTen平台进行PE150测序。生工微生物基因组测序，项目介绍：微生物基因组重测序（有参）目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术，对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序，精细分析其与参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息。

台盼蓝染色原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。

通过显微镜使用血球计数板质检得到质检结果：明场（细胞未染色）：主要可以观察悬液背景质量（背景干净，无杂质碎片，无细胞团块）；台盼蓝场（细胞与台盼蓝染色后）：主要可以观察活性（主要为活细胞，未染色蓝色的为活细胞）；通过台盼蓝场计算活率：90%>80%；细胞浓度:710cells/µl;等结果来看，血球计数板质检结果的展示可以看出所有指标均符合上机标准，属于高质量单细胞悬液。 如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。

细胞质检时染料染色的原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一种小分子染料，可以通过完整的细胞膜，嵌入所有细胞（活细胞和死细胞）的细胞核，呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）只能通过不完整的细胞膜，即死细胞的细胞膜，嵌入所有死细胞的细胞核，呈现红色荧光，通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞，这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。一台10xGenomics Chromium X仪器能够在单次运行中分析数百至数十万个细胞，让百万级的细胞研究变得常规。上海羟甲基化测序高通量测序

于微生物样品，请客户如实声明所属物种，对于可能致病的微生物，生工保留拒收的权利。上海市宏全基因组高通量测序技术

样本寄送时，请将填写完整的纸质版《高通量测序送样表》密封于塑料袋内，随样本一起寄出，纸质版的样本信息单用于样本接收人员在收到样本后及时并正确的保存并录入样本，如无纸质版的样本信息单可能会延误项目周期；样本管壁或管盖上标明的样本名称需要与《高通量测序送样表》里样本名称一致，这样可以避免我们收到样本后与您确认样本编号而耽误样本质检、提取实验；如有特殊情况，请在《高通量测序送样表》中注明；样品编号请避免使用中文、罗马数字、“-”以及特殊符号标示，避免分析的时候系统无法识别，导致分析无法完成；我们分析人员建议编号可以采用英文字母与阿拉伯数字结合的形式，字符比较好不要过长，避免绘制部分分析图的时候难以全部展示。上海市宏全基因组高通量测序技术

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