上海市宏基因组高通量测序平台

全转录组测序（Total RNA-Seq），项目介绍：全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA（non-coding RNA）。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA，lncRNA和circRNA。基于二代测序技术的全转录组测序研究，同时分析同一样本中的mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA，并且通过关联分析，使研究内容更加系统化，致力于深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。组织样品或者总 RNA， 样品名称清晰，干冰运输。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长，平均可达10 kb以上。上海市宏基因组高通量测序平台

生工其他PCR产物测序，项目介绍：随着基因编辑技术（尤其是CRISPR-cas9技术）的发展，科研人员使用传统的Sanger测序无法快速有效鉴定基因编辑效率。但是，通过对靶基因区域附近设计引物，进行PCR扩增，并对PCR产物进行高通量测序，可以快速高效的获得目标区域的突变频率信息，尤其是对低频突变的检测效果远远优于一代测序，性价比极高。总DNA 或者包装完好的原始样品（如土壤、粪便、 水体和口腔物）；样品名称清晰，冷藏运输。如有对照与实验样品的区分，标明正常样品与实验样品，如有分组，详细描述分组分析信息，以及分组比较的分析需求信息。生工高通量测序项目生工高通量测序部拥有丰富的样品处理经验，日均处理样品200余例。

转录组测序，项目介绍：RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的 RNA 并进行 mRNA 富集，然后反转录为 cDNA 后进行新一代高通量测序，在此基础上进行短片段拼接组装，从而获得一个个单独转录本，进而可以对该生物样品当前状态的基因表达状况有全局了解。对不同阶段或部位生物样品的转录组进行 比较分析，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化，针对关键基因则可以进行代谢通路（Pathway）的构建。

生工高通量测序样品要求，RNA样品：请提供浓度≥750 ng/μl、总量≥2μg的总RNA样品，样品请去蛋白并进行DNase处理;请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上QC数据，可以是电泳胶图、分光光度值、Nanodrop仪器检测数据或者Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等;一般情况下，转录组测序需要Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥7;小RNA测测序不可采用常规柱式总RNA提取试剂盒，可选择传统总RNA提取法（如乙醇沉淀、异丙醇沉淀等）或者选用专门的小RNA提取试剂盒;寄送RNA样品请置于1.5 ml离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。如果是水体样品，建议采用滤膜过滤后，将滤膜寄送来生工。

使用显微镜进行悬液质检操作时应注意：1.使用血球计数板时，可以提前镜检观察每小格计数室内是否洁净无杂质。若有杂质灰层，则需要多次清洗，直至计数室洁净无瑕；2.质检前将悬液轻微震荡或使用扩口gun头吹打混匀；3.台盼蓝染色后需要尽快完成细胞计数，一般建议不要超过10分钟；4.如果方格中细胞数目过多，难以数清，应当对细胞悬液进行稀释以便于计数；5.对于压在方格界线上的细胞应当计数同侧相邻两边上的细胞数，一般可采取“数上线不数下线，数左线不数右线”的原则处理，另两边不计数。近年来，随着高通量测序技术的发展和普及，单细胞测序技术发展十分迅速。生工高通量测序产品

为什么要用单细胞测序技术？上海市宏基因组高通量测序平台

什么是KBSeq全质粒测序？它基于第二代测序技术，一次性对大量质粒（比较多可达6000个样本）进行并行测序，利用生物信息学分析，对数据进行序列组装并获得每一个质粒的完整序列信息。所以我们也称它为，可以部分替代一代测序的高通量测序技术。测序长度：对于测序长度较长，如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间，而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天，就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。样本用量：KBSeq全质粒测序对于样本的量，要求的也比较少，比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl，如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的，KBSeq就更为适合了。上海市宏基因组高通量测序平台

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