上海市有参转录组高通量测序技术

时间:2022年09月19日 来源:

KBSeq全质粒测序跟一代测序相比有什么优点呢?一代测序:1.数据质量,套峰,双峰等情况,需要人工分析校对。2.测序长度,1 kb。3.成本,低。4.样本用量,100 ng。5.精确度,70-90%。6.测序能力,需要测序引物,只能测测序引物间的片段序列。7.通量低,(与读长有关)。8.实验周期,如果片段长度超过5K,测通可能需要15天左右。对于测序长度较长,如果我们用Sanger测序往往需要花费大量的时间,而我们KBSeq全质粒测序则只需要5-7天,就可以测通片段长度小于30kb以下的片段。KBSeq全质粒测序对于样本的量,要求的也比较少,比如质粒我们的样本要求DNA的浓度需≥ 1 ng/μl, 体积需≥5 μl,如果比较珍贵的样本或者是样本比较难提取的,KBSeq就更为适合了。使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。上海市有参转录组高通量测序技术

16s/18s/ITS微生物分类测序,项目介绍:环境微生物是自然界中分布建议广、种类建议多、数量比较大的生物类群,其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累,通用引物扩增结合高通量测序技术,可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。上海市lncRNA高通量测序技术截止目前为止,生工生物可是为数不多的同时拥有ChromiumController和ChromiumX平台的公司。

生工外显子测序,项目介绍:已知人类基因组上有180000个外显子,占整个基因组约1-2%。这些区域主要负责编码蛋白。绝大多数的单基因遗传突变与复杂疾病突变都发生在外显子区域。相比于全基因组重测 序,全外显子捕获测序有测序深度高、价格便宜的优势,性价比很高。生工生物采用Aglient SureSelect系列外显子捕获系统,可以高效富集人全外显子区域,并结合Illumina XTen测序平台进行深度测序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等变异检测,形成完整的分析报告。

单细胞转录组测序中,制备高质量的单细胞悬液至关重要。而悬液制备好后质检结果的判断也是大家需要掌握的必备技能。单细胞悬液质检关卡究竟是怎样运作的呢?单细胞悬液质控要求:•细胞浓度:700-1200cells/µl;•细胞活率>80%(当细胞悬液活率低于70%时建议进行去除死细胞处理);细胞团及碎片杂质<5%(无细胞粘连,无明显的细胞碎片和细胞团,并保证细胞的完整性);•细胞状态:细胞直径在7-40um之间(细胞直径过大则建议进行抽核处理);•不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。Life Ion torrentPGM 运行314、316、318芯片,可以承接扩增子测序、靶区域测序、基因组重测序服务。

全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序,其研究主要包括3个方面:第一种为不参考任何现有序列从头组装测序,是对未知基因组序列的物种进行基因组测序,并综合利用不同测序技术和生物信息学工具对研究物种进行序列拼接和修正,进而获得该物种的基因组序列图谱;第二种为常见的全基因组重测序,是对已知基因组序列的物种进行个体或群体的测序研究,建立一个测序文库进行单个个体或不同个体混合池测序,发现遗传变异标记,进行后续的研究;第三种是在已有参考基因组序列图谱的基础上,对不同品种的具有代表性个体建立多个文库进行全基因组从头组装测序,此方法能够进一步的进行参考基因组的修补和发现短序列比对难以发现的遗传变异。生工生物拥有众多生物信息分析人才,可进行专业的项目分析,为客户提供个性化服务。生物信息分析经验丰富,可以满足客户标准分析到定制分析作图的需求。上海微生物高通量测序应用

生工生物接受客户自备文库测序项目。上海市有参转录组高通量测序技术

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