上海地区靶向捕获高通量测序平台

时间:2022年09月26日 来源:

16s/18s/ITS微生物分类测序,项目介绍:环境微生物是自然界中分布建议广、种类建议多、数量比较大的生物类群,其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累,通用引物扩增结合高通量测序技术,可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。准确、迅速,可以说是KBSeq的代名词了。上海地区靶向捕获高通量测序平台

细胞质检时染料染色的原理:台盼蓝染色原理:台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜,故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高,可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一种小分子染料,可以通过完整的细胞膜,嵌入所有细胞(活细胞和死细胞)的细胞核,呈现绿色荧光;碘化丙啶(PI)只能通过不完整的细胞膜,即死细胞的细胞膜,嵌入所有死细胞的细胞核,呈现红色荧光,通过标记出的绿色荧光和红色荧光就可以辨别出活细胞和死细胞,这种特异性染色的方法也可以排除无核细胞、杂质、碎片等的干扰。上海市生工生物 高通量测序项目特别申明:不能采用过柱离心的方法提取总RNA。

RNA样品:1.请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上电泳胶图或者 Agilent Bioanalyzer 仪器检测数据等;2.对于普通转录组样品,请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品,样品请去蛋白并进行 DNase处理;一般情况下,普通转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280为 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;对于全长转录组测序样品(ISO-seq),请提供浓度大于200 ng/ul,总量大于5 μg的总RNA样品。样品请去蛋白并进行 DNase 处理;全长转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;

IlluminaHiSeq2500/4000可以运行PE150/PE250模式,可以承担转录组测序、人基因组重测序、外显子捕获测序、宏基因组测序、微生物分类测序等服务;IlluminaMiSeq运行PE300模式,可以承担细菌基因组重测序/Denovo测序、微生物分类测序、扩增子测序、核酸适配体测序等服务;LifeIontorrentPGM运行314、316、318芯片,可以承接扩增子测序、靶区域测序、基因组重测序服务;PacBioSequel/RSII该测序平台读长超长,平均可达10kb以上,主要承接细菌基因组完成图测序、***基因组精细图测序、全长转录本测序等服务;请寄送样本(尤其是细胞样本)之前鉴定样本所属物种。

通过显微镜使用血球计数板质检得到质检结果:明场(细胞未染色):主要可以观察悬液背景质量(背景干净,无杂质碎片,无细胞团块);台盼蓝场(细胞与台盼蓝染色后):主要可以观察活性(主要为活细胞,未染色蓝色的为活细胞);通过台盼蓝场计算活率:90%>80%;细胞浓度:710cells/µl;等结果来看,血球计数板质检结果的展示可以看出所有指标均符合上机标准,属于高质量单细胞悬液。以上就是我们本次的单细胞悬液质检指南分享啦。请提供电泳胶图,浓度>20 ng/μl,总量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA,可冰袋运输,不超过3天。上海市生工生物 高通量测序项目

单细胞测序到底是什么?上海地区靶向捕获高通量测序平台

生工CHIP-Seq,项目介绍:CHIP-SEQ 技术,即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具,还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序,可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布,得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq 的原理:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 的所属片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA的片段进行高通量测序,将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。上海地区靶向捕获高通量测序平台

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