上海环状pri-miRNA测序

“一站到底”！云序生物环状RNA研究从做谱（环状RNA测序、全转录组测序、环状RNA甲基化测序）到机制研究（RNA Pull Down、RIP），为您更全的覆盖差异环状RNA分子筛选到下游分子机制验证的重要研究环节。此外，云序生物自行建立并维护的环状RNA数据库circDB凭借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点，支持许多客户发表环状RNA成果。在过去的时间里云序生物和各位生命科学领域的**学者、医护工作者共同进步成长，探索未知的奥秘。回首过去，从表观遗传学到表观转录组学，从基因组到蛋白质组，从细胞内到外泌体，云序生物依托于高通量测序技术为越来越多的临床与基础生物研究者提供了高质量的科研服务。在我们的共同努力下，相信在新的一年里云序客户会发表更多的高分文章。目前发现的circRNA主要来源于基因外显子。上海环状pri-miRNA测序

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。四川RIP环状RNA修饰不同物种中鉴定的cirRNA数目是不一样的。

斑马鱼作为一种重要的模式生物，对于其环状RNA的研究还尚未报道。作者以雌雄斑马鱼混合组织为样品，通过云序生物提供的环状RNA测序和生物信息学服务发表了全世界首篇斑马鱼环状RNA表达谱文章。本研究共筛选到3868条环状RNA，为后续研究鱼类环状RNA的生物学功能奠定基础。环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。

研究背景： 利用高通量测序手段，研究者们在拟南芥、小鼠、果蝇和人体内都发现了环状RNA的高度表达，证明了环状RNA在不同物种中存在。目前，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限，环状RNA数据库circBase中已收录的物种有7个。作为一种重要的模式生物，非洲爪蟾的环状RNA尚未见报道。本文通过云序生物提供的一站式环状RNA测序、环状RNA定量PCR、环状RNA的RNase R耐受性实验和生物信息学服务于全世界进行了非洲爪蟾环状RNA表达谱的构建，为后续研究脊椎动物环状RNA的生物学功能奠定了基础，非常具有借鉴意义。环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子。

云序环状RNA课题技术服务四大模块: 一、 环状RNA筛选： 1.1 circRNA测序 1.2全转录组测序（同时检测circRNA、lncRNA、mRNA） 二、环状RNA验证 2.1 qRT-PCR 对选定目标RNA分子可进行qPCR检测服务，包括引物设计与表达鉴定。 2.2 Sanger测序与RNase R酶耐受实验 对选定的环状RNA分子进行反式剪切位点引物设计，扩增后Sanger测序验证环状；使用RNase R酶处理环状RNA分子，验证环状RNA分子稳定性。 三、 CircRNA功能机制研究 3.1 RIP测序/qPCR 针对目标蛋白抗体把蛋白-RNA复合物沉淀下来，并对复合物上的RNA进行测序或对目标RNA进行qRCR表达分析。 环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域新的研究热点。重庆云序环状

circRNA的类型比想象的要复杂，可以来自基因组上多种基因结构。上海环状pri-miRNA测序

河南农业大学的研究团队利用云序生物提供的环状RNA测序服务，在小麦幼苗叶片中鉴定出大约88个环状RNA分子，而在脱水胁迫幼苗中有62个环状RNA分子存在差异表达。在脱水反应的环状RNA分子中，有6个在小麦中作为26个相应的miRNA的海绵。利用qPCR验证16个环状RNA，包括6个miRNA海绵和10个随机选择的环状RNA, 其中14个环状RNA与测序结果趋势一致，反应测序数据的真实性可靠性。GO分析和KEGG分析揭示circRNAs潜在的生物学功能，例如所涉及的参与脱水反应过程，如光合作用，叶绿素代谢，氧化磷酸化，氨基酸生物合成、代谢以及植物激su信号转导和生长素生物合成等。并且揭示了环状RNA与小麦叶片脱水抗性相关功能基因表达之间关系。上海环状pri-miRNA测序

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