西藏文章 环状DNA

染色体外环状DNA(extrachromosomalcircularDNAs，eccDNAs)产生于染色体上的序列，在起源上有较高的异质性，可以影响细胞生命活动，促进tumour细胞演进和适应性进化，是tumour的重要基因组特征。然而，对于染色体外环状DNA的结构、组成和全基因组频率仍然缺乏较为普遍而深入的研究。科研人员结合基因组学和转录组学的方法分析了神经母细胞瘤（一种起源于儿童期的由交感神经系统原始细胞产生的tumour）中的染色体外环状DNA的图谱，鉴定并表征了普遍来源于体细胞的和未被报道的体外染色体环状DNA。此外，还意外发现染色体外环状DNA是体细胞基因组重排的主要来源，可以通过嵌合体循环和将环状DNA重新整合进线性基因组，促进ai基因重塑。环状DNA在不一样的基因区域、重复序列元件区域分布。西藏文章 环状DNA

从eccDNA全新视角理解生物过程的发生和发展，这篇NatureCommunication文章提供了best好的参照。研究者在进行eccDNA-seq之后对高通量数据进行整理归纳，从eccDNA的个数、长度、来源、分布和基因相关性进行深入分析，造就一篇10分以上“表达谱”的文章。这将会是一个契机，通过快速的eccDNA-seq结合PCR方式率先用“谱”的方式快速阐述一个疾病当中哪些基因易于成环、哪些基因扩增效率更高并快速和疾病的发生和发展建立联系，有理由相信这种虽然简单但是高度创新的文章一定会备受瞩目，影响因子再创新高。天津环状DNA价格测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。

长期以来困扰eccDNA研究者的一大障碍，就是eccDNA的分离纯化的有效性问题。以往的eccDNA分离纯化技术，往往单纯依赖于对非环状DNA的去除，然而外切酶对线性DNA无法做到完全消化，经电镜观察检验，仍有大量线性DNA残留，导致分离纯化的eccDNA不纯。除此以外，传统eccDNA提取方法中所使用的细胞裂解液当中含有的NaOH也对DNA的环状结构具有不可逆的破坏作用，导致部分eccDNA的丢失；对分离纯化后的eccDNA所进行的滚环扩增，也可能造成不同大小环状DNA之间扩增倍数的差异。为了改善以上种种不足，张毅教授团队的研究者们设计了一种高效的eccDNA纯化新技术。

云序生物是国内best早提供eccDNA测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞eccDNA测序服务的开发，随后又在国内first发血清血浆环状DNA测序服务。迄今为止，我们已经完成上千例样品的eccDNA测序，积累了丰富的项目经验，样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等，物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等。云序生物采用A&ABiotechnology公司的环状DNA纯化柱，是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱，并且云序生物是该品牌在国内的总代理。今年，云序生物又在港中大教授卢煜明（Y.M.DennisLo）发表的Tn5转座酶法的基础上，在全国范围内率先推出了血清血浆eccDNA甲基化测序服务。云序对环状DNA或差异环状DNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。

组织细胞环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但best新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。青海环状DNA平台

样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。西藏文章 环状DNA

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于PaulS.Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不过还可以考虑通过提取环状DNA和滚环扩增的方式获得eccDNA，并进行后续的测序和组装，这时候相对于对软件依赖的限制就相对较小了，但是对于线性DNA背景的排除依然是个问题，在基因组DNA的提取、扩增、质控及后续分析方面还需要诸多探索。西藏文章 环状DNA

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