陕西环状RNA pull down
云序环状RNA课题技术服务四大模块: 一、 环状RNA筛选: 1.1 circRNA测序 1.2全转录组测序(同时检测circRNA、lncRNA、mRNA) 二、环状RNA验证 2.1 qRT-PCR 对选定目标RNA分子可进行qPCR检测服务,包括引物设计与表达鉴定。 2.2 Sanger测序与RNase R酶耐受实验 对选定的环状RNA分子进行反式剪切位点引物设计,扩增后Sanger测序验证环状;使用RNase R酶处理环状RNA分子,验证环状RNA分子稳定性。 三、 CircRNA功能机制研究 3.1 RIP测序/qPCR 针对目标蛋白抗体把蛋白-RNA复合物沉淀下来,并对复合物上的RNA进行测序或对目标RNA进行qRCR表达分析。 环状RNA可以抵抗核酸外切酶的降解作用。陕西环状RNA pull down
2.环状RNA定量PCR及RNaseR耐受实验,验证环状RNA的表达和结构为了验证测序结果的准确性,研究人员随机选取了8条差异表达的环状RNA,利用“divergentprimers”进行环状RNA定量PCR检测和RNaseR耐受性实验。所有环状RNA的表达都能够被定量PCR实验检测到,并且定量PCR结果与测序结果趋势一致,表明环状RNA测序结果准确性非常高。所有环状RNA都能抵抗RNaseR的消化,进一步证实了这些RNA的环形结构。云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司,自行建立的环状RNA数据库circDB,借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供好的服务。浙江环状DNA测序云序生物提供一站式环状RNA实时定量PCR技术服务。
云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下:将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。
研究背景: 利用高通量测序手段,研究者们在拟南芥、小鼠、果蝇和人体内都发现了环状RNA的高度表达,证明了环状RNA在不同物种中存在。目前,已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限,环状RNA数据库circBase中已收录的物种有7个。作为一种重要的模式生物,非洲爪蟾的环状RNA尚未见报道。本文通过云序生物提供的一站式环状RNA测序、环状RNA定量PCR、环状RNA的RNase R耐受性实验和生物信息学服务于全世界进行了非洲爪蟾环状RNA表达谱的构建,为后续研究脊椎动物环状RNA的生物学功能奠定了基础,非常具有借鉴意义。环状RNA可直接与蛋白质结合。
云序优势 适用于任何物种: 可以检测几乎任何动植物的环状RNA。 适用于降解样品: 可以检测部分降解的样品的环状RNA。 有效数据量高: 通过商业化kit富集环状RNA,极大地提高了有效数据比例。 性价比高:能够以较低的成本检测更多的环状RNA。 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。 专业化的生物信息学分析: 云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。m6A环状RNA测序,云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。上海RIP环状rna
环状 RNA 可以起到 microRNA 海绵的作用。陕西环状RNA pull down
研究指出,环状RNA能够调控来源基因的表达。为了进一步了解小麦差异表达环状RNA的功能,研究人员对它们的来源基因进行GO(Gene Ontology)分析。结果显示在脱水作用下,差异表达的环状RNA的来源基因可能在不同的生物进程和分子功能方面发挥作用。2013年两篇Nature文章揭示环状RNA具有miRNA海绵的功能,它可以吸附miRNA来调节基因的表达。研究人员对不同样本之间差异表达的62种环状RNA进行靶miRNA的结合预测。发现其中6种环状RNA具有潜在的miRNA结合位点。随后,研究人员对这些miRNA下游靶基因进行功能预测,分析结果显示靶基因参与的信号通路都与脱水应激反应相关,暗示着这6种差异表达的环状RNA可能通过miRNA海绵机制发挥作用。陕西环状RNA pull down
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