服务测序文章

案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 原文：Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 期刊：Proc Natl Acad Sci 影响因子：11.201 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。服务测序文章

ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰（N4-acetylcytidine）。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，导致Watson-Crick碱基热稳定性增加，调控蛋白合成中的编码准确性；近期研究发现ac4C分布在人类转录组中，大多数位点出现在编码序列（CDS）内，并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前，ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”！上海云序生物测序lncRNARNA抽提，RNA质控，环状RNA特异性引物设计，环状RNA逆转录。

核糖体印迹测序又称Ribosomeprofiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。

m6A修饰就是真核生物mRNA中较常见存在的一种修饰形式，得到了常见的关注和研究。除此之外，还存在着一种分子结构上非常相似的RNA修饰形式：m6Am——在m6A修饰的基础上，同一个腺苷酸残基的核糖的2’羟基也被甲基化，产生2’甲氧基结构（2’-O-CH3）。与m6A的常见分布所不同的是，m6Am修饰的分布主要局限于mRNA5’帽子结构下游的较早核苷酸残基上发生。该位点的m6Am修饰在进化上高度保守，无论是在斑马鱼、小鼠还是人类细胞中均有发现。云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。

案例1：环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文：Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊：Nature 影响因子：43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配（optical mapping），从序列的角度发现，扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的，还证明了环状DNA的染色质是高度开放的，从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用，这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率 。安徽测序研究

云序生物在实验的各个关键步骤加入了一系列质控点，全程监控实验质量。服务测序文章

组织细胞环状DNA测序服务云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。服务测序文章

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