河北分析测序

时间:2023年05月26日 来源:

案例1:拟南芥花叶根组织m6A RNA甲基化谱 原文:Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 西北农林科技大学联合中科院和普渡大学,借助m6A RNA甲基化测序技术,对比拟南芥花,叶,根组织中(每种组织有两个生物学重复)m6A RNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6A RNA甲基化修饰程度比人类高10%左右,占转录组的83%。云序生物利用启动子区(TSS-2000-TSS+2000)差异富集峰对应的基因进行GO功能分析。河北分析测序

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案例3:拟南芥m5CRNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响原文:Transcriptome-WideMappingofRNA5-MethylcytosineinArabidopsismRNAsandNoncodingRNAs期刊:ThePlantCell影响因子:8.23与上篇不同,本研究团队采用m5CRNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱,在种子,幼芽,根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNAm5C甲基转移酶TRM4B,造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短,同时对氧化的应激反应更敏感。修饰测序mRNA专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法。

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案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。

A&ABio的环状DNA纯化柱技术简介研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术,Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA,具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及建库测序。因此,相对于大量存在的基因组DNA,环状DNA在细胞中的含量非常少,所以从样品中提取总DNA后,第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA,以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键,既要大限度地去除基因组DNA,又需很大限度保留环状DNA分子,尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。云序生物采用A&ABiotechnology的纯化柱,是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱,并且云序生物是该品牌在国内的总代理。云序生物针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。

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ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰(N4-acetylcytidine)。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,导致Watson-Crick碱基热稳定性增加,调控蛋白合成中的编码准确性;近期研究发现ac4C分布在人类转录组中,大多数位点出现在编码序列(CDS)内,并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前,ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”!云序生物的服务涉及全国多个地区,各大高校、医院。山西上海云序生物测序

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近日,不断有讯号传出,商务服务将迎来一波新的爆发期。但是,在商务服务迎来新的爆发期的同时我们又不能忽视商务服务的弊端,所以不少人都对此抱有怀疑态度。大批品牌商纷纷涌入这个行业,并非是这个行业之幸,因为不管传统型私营有限责任公司还是现代型的,都避不开一个问题那就是“商业模式大同小异”会员分销的方式进行发展。这对自有流量和选品能力都提出了极高的要求。新诞生的商务服务,不但可实现跨系统、跨协议的服务互通,更可以为企业提供一体化、自动化解决方案 ,减少系统开发周期,助力企业数字化升级飞速落地。企业围绕中高级别客户日益增长的多层次品质人生的需求,不断丰富完善RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体的同时,还陆续推出适合中产阶级品味的生活化服务。河北分析测序

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