云南云序表观遗传组测序研究

CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势原文：CUT&Tagforefficientepigenomicprofilingofsmallsamplesandsinglecells期刊：NatureCommunications发表时间：20190429影响因子：11.878在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多，作者选择了传统的研究手段ChIP-seq，优化的CUT&RUN方法，以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果，发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析，显示CUT&Tag的灵敏度高，实验可重复性好。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。云南云序表观遗传组测序研究

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。表观遗传组测序分析这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA）。

全基因组重亚硫酸盐测序法（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）一度是 DNA 5mC 测序的金标，可以将未经化学修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被读取为胸腺嘧啶（T），同时保持甲基化修饰的 5mC 和羟甲基化修饰的 5hmC 在测序中仍被读取为 C。然而，WGBS 法需要极端的温度和化学环境，容易造成 DNA 的断裂降解；并且，WGBS 法对未经化学修饰的胞嘧啶（C）具有高比例的破坏力，致使 GC 富集区相比于 AT 富集区更容易丢失，在测序文库中造成“GC 覆盖度偏误”。 由于 ctDNA 含量低、稳定性差，若采用 WGBS 法对 ctDNA 进行 5mC 测序，将会难以避免地带来很多负面影响： 经化学处理后所得的 DNA 总量低，难以满足测序文库所需的量； DNA 丢失严重，覆盖度低，容易造成测序缺口（gap）； GC 检测覆盖程度不均一，未能反应真实情况。

ATAC测序的全称是AssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着测序标签的转座酶），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行建库后测序，从而识别染色质的开放区域。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，成为了很有潜力的科研新热点。

DNA甲基化是基因组一种主要的表观遗传修饰形式，它能够调控基因表达、染色质稳定性、X染色体失活及抑制病毒和外源基因的表达等生物过程，与人类的ai症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学研究中的热点之一。云序生物提供新一代的DNA甲基化芯片IlluminaInfiniumMethylationEPICBeadChip测序服务（下文中以850K芯片代称）。850K甲基化芯片有效的利用高通量筛选技术，不但实现基因区域和CpG岛的覆盖，还包括CpG岛之外的甲基化位点、在人类干细胞中鉴定出了非CpG甲基化位点、miRNA启动子区域、以及tumsor和正常组织中差异表达的甲基化位点等。普遍应用于ai症、tumsor和其他复杂疾病的研究，是目前适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。湖南服务表观遗传组测序

文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。云南云序表观遗传组测序研究

游离于染色体基因组之外的DNA(extrachromosomalDNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA(extrachromosomalcircularDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA，而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知，成为了很有潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法，用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DNA的片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法，将未甲基化的胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U），后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。云南云序表观遗传组测序研究

上海云序生物科技有限公司正式组建于2015-03-02，将通过提供以RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等服务于于一体的组合服务。旗下高通量测序，测序合成，科研，技术服务在商务服务行业拥有一定的地位，品牌价值持续增长，有望成为行业中的佼佼者。我们强化内部资源整合与业务协同，致力于RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等实现一体化，建立了成熟的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体运营及风险管理体系，累积了丰富的商务服务行业管理经验，拥有一大批专业人才。值得一提的是，云序生物致力于为用户带去更为定向、专业的商务服务一体化解决方案，在有效降低用户成本的同时，更能凭借科学的技术让用户极大限度地挖掘高通量测序，测序合成，科研，技术服务的应用潜能。