黑龙江m7G+m3C RNA甲基化

时间:2023年08月04日 来源:

植物m6A表观转录组修饰的生物学功能尚不完全清楚。CPSF30-L是聚腺苷酸化因子CPSF30的主要亚型,由CPSF30-S和一个m6A结合的YTH结构域组成。CPSF30-L的生物学作用及其在选择性聚腺苷酸化中结合m6A功能的分子机制尚不清楚。在这里,作者揭示了CPSF30-L是拟南芥m6A的“reader”,其m6A结合功能是花卉的转型和脱落酸(ABA)响应所必需的。此外,CPSF30-L的m6A结合活性增强了液体样核体的形成,其中CPSF30-L主要识别m6A修饰的远上游元件,调控聚腺苷酸化位点的选择。核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。黑龙江m7G+m3C RNA甲基化

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案例3:m6ARNA去甲基化酶ALKBH5通过结合lncRNA促进胶质瘤细胞期刊:CancerCell影响因子:27.43近年来,m6ARNA修饰的研究已成为当今生命科学领域前沿研究之一,不断有高影响分子文章问世。m6ARNA修饰的催化、去除以及识别的分子机理研究越来越清晰,此时人们更关心m6ARNA修饰与重大疾病之间的相关性。近期CancerCell报道了m6ARNA去甲基化酶ALKBH5在神经胶质瘤中具有生理作用。在本研究中,去甲基化酶ALKBH5在恶性胶质瘤干性样细胞表达上调,而ALKBH5高表达的胶质细胞瘤患者预后生存率更差。通过敲低ALKBH5,meRIP鉴定m6ARNA甲基化修饰模式,基因芯片检测差异表达>2倍的基因,终筛选到与细胞周期调控相关的FOXM1基因,其在GSCs的自我修复和tumsour形成中起到关键作用。山东m7G RNA甲基化RNA甲基化组揭示了m6A介导的DNA去甲基化酶基因SlDML2在番茄果实成熟中的调控作用。

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云序优势单碱基分辨可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。高通量检测可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。全分子覆盖可较全地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。一站式服务客户需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。专业的生物信息学分析专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。

案例3:拟南芥m5CRNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响原文:Transcriptome-WideMappingofRNA5-MethylcytosineinArabidopsismRNAsandNoncodingRNAs期刊:ThePlantCell影响因子:8.23与上篇不同,本研究团队采用m5CRNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱,在种子,幼芽,根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNAm5C甲基转移酶TRM4B,造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短,同时对氧化的应激反应更敏感。云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化测序。

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案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促进其翻译效率原文:AcetylationofCytidineinmRNAPromotesTranslationEfficiency期刊:Cell影响因子:36.22美国ai症研究所(NCI)和弗雷德里克实验室,发现下调NAT10(RNA乙酰化酶)能够抑制Hela细胞的行为;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰,下调NAT10后,ac4C的总体水平下降;为了进一步探究ac4C的功能,作者对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA测序,发现ac4C的peak主要富集在mRNA的CDS区,同时下调NAT10能够降低ac4C在mRNA中的定点表达,并与靶mRNA的下调有很大关系;作者又进一步发现ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性,同时也能够通过ac4Cpeak中的密码子偏好性表达,决定并影响mRNA的解码效率,促进底物翻译。这些发现不仅扩大了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),也确立了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。广东m7G RNA甲基化

Nature正刊发表文章,证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。黑龙江m7G+m3C RNA甲基化

案例2:m5CRNA甲基化基因组分布图谱原文:Distinct5-methylcytosineprofilesinpoly(A)RNAfrommouseembryonicstemcellsandbrain期刊:GenomeBiology影响因子:13.21近期刊登了解析RNAm5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5CRNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS,5’-UTR,3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNAm5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。黑龙江m7G+m3C RNA甲基化

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