dna 羟甲基化与基因表达

云序优势一站式服务：客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从MeRIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。样本要求样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。样品量：a)细胞：2×107b)组织：100mg-1gc)RNA：30-300μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）样品运输与保存样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。dna 羟甲基化与基因表达

m6A甲基化已经被证明与植物对病原体的抗性有关。然而，小麦(Triticumaestivum)全转录组m6A谱及其在小麦抗小麦黄花叶病毒(WYMV)中的潜在生物学功能尚未见报道。这项研究是shou次鉴定两个不同抗WYMV小麦品种的转录组m6A修饰谱。通过对m6A-MeRIP-seq数据的分析，作者在WYMV感ran的抗病小麦品种(WRV)和WYMV感ran的敏感小麦品种(WSV)中鉴定出25752个共有m6A峰和30582个共有m6A基因，这些峰主要富集在编码序列3‘UTR区和终止密码子中。GO分析和RNA测序数据显示，m6A和mRNA水平均发生明显变化的基因与植物防御反应有关。miRNA甲基化文章除了拟南芥，在其他植物中如番茄、小麦、玉米以及高粱等均发现了RNA m6A甲基化修饰。

云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下： 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。

案例3：m6ARNA去甲基化酶ALKBH5通过结合lncRNA促进胶质瘤细胞期刊：CancerCell影响因子：27.43近年来，m6ARNA修饰的研究已成为当今生命科学领域前沿研究之一，不断有高影响分子文章问世。m6ARNA修饰的催化、去除以及识别的分子机理研究越来越清晰，此时人们更关心m6ARNA修饰与重大疾病之间的相关性。近期CancerCell报道了m6ARNA去甲基化酶ALKBH5在神经胶质瘤中具有生理作用。在本研究中，去甲基化酶ALKBH5在恶性胶质瘤干性样细胞表达上调，而ALKBH5高表达的胶质细胞瘤患者预后生存率更差。通过敲低ALKBH5，meRIP鉴定m6ARNA甲基化修饰模式，基因芯片检测差异表达>2倍的基因，终筛选到与细胞周期调控相关的FOXM1基因，其在GSCs的自我修复和tumsour形成中起到关键作用。适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。

案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊：Nature Methods 影响因子：26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。m6A修饰在各种真核生物、各类组织细胞中普遍存在。山东甲基化筛选

RNA甲基化组揭示了m6A介导的DNA去甲基化酶基因SlDML2在番茄果实成熟中的调控作用。dna 羟甲基化与基因表达

样本要求1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。2）样品量：细胞：2×107组织：500mg-1gRNA：30-300μg，浓度不低于100ng/μL3）RNA质量要求：OD260/280：1.8~2.1浓度≥100ng/μlRNA无明显降解（28S:18S≥1.5或者RIN≥7）4）样品保存：新鲜组织可用RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。细胞样品，离心收集细胞沉淀后用PBS洗2遍，直接-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存Note:样品保存期间避免反复冻融。5）样品运输：样品置于1.5mlEppendorf管或冻存管中，封口膜封好，装在塑料袋中，干冰运输。dna 羟甲基化与基因表达

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