福建修饰表观遗传组测序介绍

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况。福建修饰表观遗传组测序介绍

案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析 原文：Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility 期刊：Cell 影响因子：31.398 该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。中国香港分析表观遗传组测序文章后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。

EM-seq 的优势相比于传统的WGBS 拥有多种优势： DNA 测序文库质量高、所需 DNA 起始量小 相比于WGBS，EM-seq 对 DNA 的损伤小，因此可以用更少 DNA 样品、更少的 PCR 轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的 EM-seq 服务，所需的 DNA 起始量可低至10ng。 DNA 文库的插入片段更长、更完整 相比于WGBS，EM-seq 处理后的 DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的 GC 覆盖均一性 无论 GC 程度高低，EM-seq 的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS 测序文库高估了 AT 区，却低估了 GC 区，造成“GC 覆盖度偏误”。

全基因组重亚硫酸盐测序法（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）一度是 DNA 5mC 测序的金标，可以将未经化学修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被读取为胸腺嘧啶（T），同时保持甲基化修饰的 5mC 和羟甲基化修饰的 5hmC 在测序中仍被读取为 C。然而，WGBS 法需要极端的温度和化学环境，容易造成 DNA 的断裂降解；并且，WGBS 法对未经化学修饰的胞嘧啶（C）具有高比例的破坏力，致使 GC 富集区相比于 AT 富集区更容易丢失，在测序文库中造成“GC 覆盖度偏误”。 由于 ctDNA 含量低、稳定性差，若采用 WGBS 法对 ctDNA 进行 5mC 测序，将会难以避免地带来很多负面影响： 经化学处理后所得的 DNA 总量低，难以满足测序文库所需的量； DNA 丢失严重，覆盖度低，容易造成测序缺口（gap）； GC 检测覆盖程度不均一，未能反应真实情况。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知。

而NGS技术能够检测基因突变。靶向深度测序和基于捕获物测序的方法可以在指定区域进行检测。重要的是，外显子血浆DNA分析开辟了一种新的机遇，即其可以描述突变组的特征，而不需要关注之前或者现在存在的突变。基于NGS的ctDNA全基因组测序，不仅可以发现染色体重组，易位等情况，其对tumsor标记物还具有敏感性和特异性。同时，在选定的情况下，基于NGS的ctDNA测序还能发现体细胞拷贝数的畸变。正是基于以上优势，NGS在ctDNA检测中，开始扮演越来越重要的角色。而基于NGS的ctDNA检测的效果，也在很多临床实验中得到了证实。客户需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从ctDNA提取。宁夏分析表观遗传组测序研究

游离于染色体基因组之外的DNA被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为eccDNA。福建修饰表观遗传组测序介绍

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