河北文章 表观遗传组测序平台

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。河北文章 表观遗传组测序平台

由于通常的活检技术不能够描述分子特性，因此胰腺ai和胆道ai患者通常缺少个性化的治疗方案。而游离的DNA测序能够帮助这部分人群进行医疗。在Eric A. Collisson教授的研究中，他们分析了26名患者tumsor中的54个基因。除了9名患者测序失败，剩下的17名患者中，90.3%的tumsor突变都能够在ctDNA中发现。其正确率为97.7%，灵敏度为92.3%，特异性为100%。同时，他们发现，ctDNA与tumsor标记动态是具有相关性的。因此，可以在胰腺cancer和胆道cancer患者中，通过ctDNA测序的方法，来确定患者的tumsor基因型，从而为患者提供准确的靶向疗法。海南表观遗传组测序客户需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从ctDNA提取。

本文作者利用850K芯片分别检测健康表皮、光化性角化病表皮、皮肤鳞状细胞ai表皮的DNA甲基化状态，发现AK甲基化显示出经典的tumsor甲基化的结构与cSCC的结构高度相似，通过降低DNA甲基化年龄、非CpG岛甲基化、干细胞相关的角蛋白和增强子甲基化模式进一步分析，证实了干细胞甲基化的典型特征。同时还发现这些特征只在一半的样本中检测到，而另一半则显示出与健康的表皮关系更密切。这些都表明AK 和 cSCC 存在两种亚型，并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。总而言之，本文利用高通量技术手段研究鳞状细胞aiDNA甲基化在细胞分化过程中特征性分析，为其临床学的应用奠定了基础。

CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势 原文：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells 期刊：Nature Communications 发表时间：20190429 影响因子： 11.878 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多，作者选择了传统的研究手段ChIP-seq，优化的CUT&RUN方法，以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果，发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析，显示CUT&Tag的灵敏度高，实验可重复性好。为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析 原文：Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility 期刊：Cell 影响因子：31.398 该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。游离于染色体基因组之外的DNA被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为eccDNA。四川表观遗传组测序分析

ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）。河北文章 表观遗传组测序平台

案例2 ：鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究 期刊：Nature Communication 影响因子：11.878 本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析，并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高，表观遗传年龄会加速。综上所述，鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物，以及这些表型的特异性生物学过程。河北文章 表观遗传组测序平台

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