西藏测序RNA甲基化

m6A LncRNA测序：案例2. lincRNA 1281上的m6A 甲基化影响细胞分化 原文：N6-Methyladenosine modification of lincRNA 1281 is critically required for mESC differentiation potential 期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：11.56 同济大学康九红团队研究发现在mESC细胞中，甲基化转移酶Mettl3能够调控lincRNA 1281发生甲基化，并且与干细胞分化能力直接相关。揭示此过程主要发生在胞浆，且由let-7能够竞争性结合linc1281，从而降低其表达量，从机制上解释了m6A在不影响到表达水平的情况下如何影响生物学功能的问题。云序生物拥有强大的生信分析团队，可以为客户提供个性化要求。西藏测序RNA甲基化

目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术，云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务，技术原理如下： 将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA甲基化程度。江苏云序测序RNA甲基化在RIP-Seq中，富集峰表示全部活跃转录的区域(相对于对照IgG)。

样本要求： 样品类型： 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量： a) 细胞：2×107 b) 组织：100 mg-1 g c) RNA：30-300 μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7） 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。

血清血浆环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是cancer细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。云序生物acRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程。

A&A Bio的环状DNA纯化柱技术简介 研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术，Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA，具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及建库测序。因此，相对于大量存在的基因组DNA，环状DNA在细胞中的含量非常少，所以从样品中提取总DNA后，第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA，以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键，既要大限度地去除基因组DNA, 又需很大限度保留环状DNA分子，尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。云序生物采用A&A Biotechnology的纯化柱，是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱，并且云序生物是该品牌在国内的总代理。云序生物的服务涉及全国多个地区，各大高校、医院。山东服务测序

RNA抽提，RNA质控，环状RNA特异性引物设计，环状RNA逆转录，环状RNA qPCR检测。西藏测序RNA甲基化

LC-MS/MS检测核酸修饰水平实验原理： 云序生物建立了一种基于 LC-MS/MS 平台的核酸修饰分析方法，定量 4类 DNA 修饰（5-mdC、5-hmdC、5-fodC、6-mdA）和 9 类 RNA 修饰（m5C、 m6A、Am、Gm、Cm、Um、m1A、m7G、ac4C），为表观遗传研究提供理想的技术平台。 液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物，并能够对物质进行精确的定量。LC-MS/MS 法是目前所有总体甲基化水平分析方法中能够对含量极低的修饰碱基进行准确定性定量的方法；而将 LCMS/MS 法与一定的样品前处理方法相结合，能够更好地对各类生物样品中的 DNA/RNA 修饰进行检测。西藏测序RNA甲基化