上海服务环状DNA

eccDNA 在染色体上普遍均匀分布的特征也得到了第二种测序方法的验证。与第一种方法中使用滚环扩增不同，第二种方法先采用 Tn5 转座酶将 eccDNA的片段化，而后进行常规的 PCR 扩增和 illumina 高通量测序。第二种方法虽然不能得到全读长的 eccDNA，但能避免滚环扩增所造成的小环扩增倍数多、大环扩增倍数少的偏误。综合两种方法的实验结果，研究者确认了“eccDNA 从哪里来”这个问题的答案——eccDNA 的来源序列普遍、随机、均匀地分布于整个基因组上。环状DNA在不一样的基因区域、重复序列元件区域分布。上海服务环状DNA

为了寻找 eccDNA 基因组来源，研究者选用了非ai细胞系 mESC 作为研究对象，以确保正常的基因组状态。随后，采用前述的方法分离纯化了高纯度的 eccDNA，并采用平行的两种不同方法（滚环扩增+单分子纳米孔测序、Tn5 转座酶片段化后 PCR 扩增+ illumina 高通量测序）对 eccDNA 进行了测序，两种方法均发现，eccDNA 的来源序列普遍分布于整个基因组上，在各条常染色体上表现出高度均匀分布特征。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发，河北环状DNA分子母系来源的eccDNA比胚胎来源的eccDNA分子长度也更长。

染色体外环状DNA(EccDNA)是一种起源于染色体但可能独li于染色体的环状DNA。由于技术的进步，eccDNAbest近已经成为具有多种特性的多功能分子。EccDNA独特的拓扑结构和遗传特性为ai症的监测、早期诊断、医治和预测提供了新的思路。EccDNA通常在正常细胞和ai细胞中观察到，并且通过对外源性和内源性刺激的应激反应，衰老和ai发生以及ai症医治期间的耐药性的不同机制起作用。 EccDNA的结构多样性决定了eccDNA的功能和数量的多样性，从而通过驱动染色体外位点的遗传可塑性和异质性，赋予eccDNA在进化和ai症发生和发展中的强大作用，而这在近几十年的进化过程中被忽视了。EccDNA在ai症中显示出巨大的潜力，本文综述了eccDNA的特点、生物发生、评价功能、作用机制、相关方法和临床应用，重点介绍了eccDNA在进化和ai症中的作用。

样本要求 样品类型： 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量： a）细胞 2×107 b）组织 200 mg c）DNA：>=10 µg，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。eccDNA测序的目的正是在组学的层面上全mian的描述刻画eccDNA的成环多种可能性。

eccDNA以颠覆传统认知的方式重新走到科研舞台的中心，必将在未来的一段时间掀起一场有关基因扩增、转录的大讨论。我们已经习惯了观察基因的缺失、突变、插入和移位，eccDNA的产生从新的角度让科研工作者去思考基因组存在的动态性和多样性。由此，tumour的异质性、tumour微环境、液体活检和耐药性等相关研究必定会围绕eccDNA展开更多集中式的研究和探索，有理由相信这次2019年年末的Nature和Cell文章的发表将成为里程碑式的作品，推动未来三到五年内有关eccDNA研究的新方向。云序极大地提高了环状DNA的检出率。上海服务环状DNA

云序采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA。上海服务环状DNA

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于Paul S. Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不过还可以考虑通过提取环状DNA和滚环扩增的方式获得eccDNA，并进行后续的测序和组装，这时候相对于对软件依赖的限制就相对较小了，但是对于线性DNA背景的排除依然是个问题，在基因组DNA的提取、扩增、质控及后续分析方面还需要诸多探索。上海服务环状DNA