广东测序分析

m6A LncRNA测序：案例2. lincRNA 1281上的m6A 甲基化影响细胞分化 原文：N6-Methyladenosine modification of lincRNA 1281 is critically required for mESC differentiation potential 期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：11.56 同济大学康九红团队研究发现在mESC细胞中，甲基化转移酶Mettl3能够调控lincRNA 1281发生甲基化，并且与干细胞分化能力直接相关。揭示此过程主要发生在胞浆，且由let-7能够竞争性结合linc1281，从而降低其表达量，从机制上解释了m6A在不影响到表达水平的情况下如何影响生物学功能的问题。云序生物的测序服务在业界获得较多好评。广东测序分析

案例2：METTL1通过m7G甲基化促进let-7 MicroRNA的加工 原文：METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation 期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25 剑桥大学戈登研究所和病理学系中心，借助m7G RNA甲基化测序技术，识别了A549细胞中miRNA具有m7G甲基化修饰。该研究发现Mettl1调控的pri-let7 m7G修饰通过改变pri-let7中G-四重结构，进一步调控pre-let7和let7的表达，影响肺ai细胞迁移。该研究揭示了Mettl1依赖的m7G甲基化修饰可以作为调控miRNA结构、生物发生和细胞迁移的一种新的RNA修饰。山西云序生物测序云序生物采用商业化RIP试剂盒，保证了RIP实验的成功率和稳定性。

ac4c样品要求 样品类型 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量 a）细胞：≥2×107 b）组织：500mg - 1g c) RNA：30μg - 300μg d) 超微量满足500ng - 30μg 样品运输与保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。

组织细胞环状DNA测序服务云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。云序生物拥有强大的生信分析团队，可以为客户提供个性化要求。

案例2：cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文：Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊：Cell 影响因子：36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促cancer机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。云序生物对O8G RNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术。江苏分析测序

云序生物利用启动子区(TSS-2000-TSS+2000)差异富集峰对应的基因进行GO功能分析。广东测序分析

案例1：哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA，为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况，何川团队利用m7G自带正电荷的特征，开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点，并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征，同时还发现METTL1是一种甲基转移酶，它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰，并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。广东测序分析