河南测序分析
核糖体印迹测序又称Ribosome profiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率 。河南测序分析
m7G lncRNA测序 m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位N上加上甲基的一种修饰（N7-methylguanosine，m7G）。研究表明，m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中，包括：mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA（tRNA）和核糖体RNA（rRNA）。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化，近两年高影响因子文章不断，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。江西测序全转录组云序生物利用启动子区(TSS-2000-TSS+2000)差异富集峰对应的基因进行GO功能分析。
案例2：cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文：Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊：Cell 影响因子：36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促cancer机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。
m5C全转录组测序m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C存在，但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务，采用经典重亚硫 酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。 样品运输与保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术。
案例2：2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病 毒逃避宿主细胞免疫识别机制 原文：FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing 期刊：Nature 影响因子：41.6 外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合，形成复合物，因此推测，FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着，体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段，证实在HIV病 毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上，该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病 毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病 毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。云序生物使用diffReps软件进行差异富集区(differentially enriched peaks，DEPs)鉴定。研究测序文章
云序生物的服务涉及全国多个地区，各大高校、医院。河南测序分析
m6A 修饰就是真核生物 mRNA 中较常见存在的一种修饰形式，得到了常见的关注和研究。除此之外，还存在着一种分子结构上非常相似的 RNA 修饰形式：m6Am——在 m6A 修饰的基础上，同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化，产生 2’ 甲氧基结构（2’-O-CH3）。与 m6A 的常见分布所不同的是，m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子结构下游的较早核苷酸残基上发生。该位点的 m6Am 修饰在进化上高度保守，无论是在斑马鱼、小鼠还是人类细胞中均有发现。河南测序分析