全基因组甲基化水平

时间:2022年03月10日 来源:

云序优势 单碱基分辨 可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。 高通量检测 可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。 全分子覆盖 可较全地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。 一站式服务 客户需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。适用于m6A RNA甲基化谱研究,快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。全基因组甲基化水平

全基因组甲基化水平,甲基化

近年来,科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A,即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine,m6A)。研究发现,m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰,m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中,占到了 RNA甲基化修饰的80%。m6A除了分布在 mRNA 中,也出现在很多非编码 RNA中 ,如:环状RNA 、LncRNA等。Nature正刊发表文章,证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。而随后Cell Research也发表文章,证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰,并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。福建lncRNA甲基化RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一。

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原文:METTL4 catalyzes m6Am methylation in U2 snRNA to regulate pre-mRNA splicing 期刊:Necleic Acids Research 影响因子:16.48 新加坡南洋理工大学的研究人员通过人类全转录组 RNA 甲基化测序,在 Mettl4 敲除组与野生型对照组之间寻找出 m6Am 相对甲基化水平的差异位点,其中 U2 snRNA 的第 30 位 RNA 残基有明显的 m6Am 修饰水平差异。进一步的 FLAG-tag 融合蛋白实验证明,METTL4 蛋白直接催化了 U2 snRNA 上的 m6Am 甲基化修饰的发生。METTL4 过表达实验发现,其催化的 RNA 内部 m6Am 修饰位点具有 HMAGKD 的序列 motif 特征(H=A/C/U, M=A/C, K=G/U, D=A/G/U)。 在 Mettl4 敲除的人类细胞中,因为 U2 snRNA 无法完成 m6Am 修饰,故而对 snRNA 的 pre-mRNA 剪接功能产生了诸多影响。

技术原理 为了系统性揭示RNA O8G氧化修饰,云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技术服务。技术原理如下:将RNA O8G氧化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有O8G氧化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RNA的片段。对照样本用于消除非特异性抓取O8G氧化片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段,将O8G氧化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中O8G氧化程度。 配合专业的生物信息学分析,云序生物可进一步提供高精度的O8G氧化图谱,帮助客户揭示O8G氧化在生物学功能和潜在的作用机制。环状RNA也会被m6A甲基化修饰,并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。

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在这篇文章中,发现番茄果实成熟过程中,mRNA m6A甲基化表现出与DNA甲基化相似的动态变化。RNA甲基组分析表明,m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰,且m6A位点富集于终止密码子周围和3'UTR区。在具有DNA超甲基化的成熟缺陷表观突变体无色非成熟(Cnr)的果实中,有1100多个转录本显示m6A水平升高,而只有134个转录本显示m6A水平降低,表明m6A的整体水平升高。m6A沉积通常与转录本丰度呈负相关。云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。山西m7G RNA甲基化

m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。全基因组甲基化水平

RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。全基因组甲基化水平

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