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时间:2022年03月12日 来源:

2020年1月3日,香港大学卢煜明团队在PNAS 在线发表题为“Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma”的研究论文,该研究通过限制性酶或Tn5转座酶处理后的测序,在孕妇血浆中first次鉴定了eccDNA分子。这些eccDNA分子显示出双峰大小分布,峰值分布在?202和?338 bp,在两个峰的整个大小范围内观察到明显的10 bp周期性,表明它们的核小体起源。此外,胎儿来源的eccDNA比产妇的eccDNA短。eccDNA分子总体种群的基因组注释显示,这些分子优先从5‘非翻译区(5’-UTR)、外显子区和CpG岛区生成。eccDNA的连接位点两侧的两组三核苷酸重复基序支持eccDNA产生的多种可能模型。目前,环状DNA可以作为一种新型特异的tumour标志物。宁夏环状DNA内容

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近年来,由于实验技术和生信分析技术的进步,eccDNA 相关研究发表 SCI 论文的数量呈井喷之势增长。PubMed 搜索数据显示,2017 年 eccDNA 相关论文全世界only 4 篇,后续几年逐步增长为 6、7、10 篇,而到了现在的 2021 年,only before 十个月,就已经有 15 篇 eccDNA 相关论文见刊,其中还不乏 Nature、Methods in Molecular Biology、Nucleic Acids Research、Molecular Cancer 等高分期刊。见微知著,eccDNA 虽小,但很可能成为下一个生命科学的科研热点。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。四川环状DNA文章如果联合全转录组测序,可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。

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目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。云序组织细胞环状DNA测序服务(Circle-seq),采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。富集后,通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。

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为了寻找 eccDNA 基因组来源,研究者选用了非ai细胞系 mESC 作为研究对象,以确保正常的基因组状态。随后,采用前述的方法分离纯化了高纯度的 eccDNA,并采用平行的两种不同方法(滚环扩增+单分子纳米孔测序、Tn5 转座酶片段化后 PCR 扩增+ illumina 高通量测序)对 eccDNA 进行了测序,两种方法均发现,eccDNA 的来源序列普遍分布于整个基因组上,在各条常染色体上表现出高度均匀分布特征。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发,通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。中国香港环状DNA研究

环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体,抑制胶质瘤的形成。宁夏环状DNA内容

样本要求 样品类型: 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量: a)细胞 2×107 b)组织 200 mg c)DNA:>=10 µg,溶于无菌水或 TE(PH = 8)(OD 260/280值应在1.7~2.0 之间;RNA 应该去除干净;不得有其它个体或其它物种的DNA污染)。 样品运输及保存: 样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。宁夏环状DNA内容

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