西藏修饰环状DNA

研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术，Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA，具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及best后建库测序。因此，相对于大量存在的基因组DNA，环状DNA在细胞中的含量非常少，所以从样品中提取总DNA后，第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA，以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键，既要best大限度地去除基因组DNA, 又需best大限度保留环状DNA分子，尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。西藏修饰环状DNA

eccDNA的大小从几百bp到几十Mb不等，其中较小的一种是2012年Science报道的被称作MicroDNA的特殊的eccDNA，大小只有200-400bp，有片段过短，因此不能携带完整的基因序列；但是目前MicroDNA被认为具有一些重要的调节功能，包括调控RNA的转录过程，或者通过分子海绵的作用调控一些非编码RNA的表达，同时这种DNA也被认为是可能在未来应用于液体活检来监测ai症的发生和发展的一种体外游离DNA的形式。双微体形式存在的eccDNA一般较大，100kb-3Mb等，很多可以在光学显微镜下被观察到，能够携带一些完整的基因结构和上游的调控序列。广东环状DNA文章eccDNA高通量检测的关键步骤是要通过实验手段对其进行有效的富集。

从eccDNA全新视角理解生物过程的发生和发展，这篇Nature Communication文章提供了best好的参照。研究者在进行eccDNA-seq之后对高通量数据进行整理归纳，从eccDNA的个数、长度、来源、分布和基因相关性进行深入分析，造就一篇10分以上“表达谱”的文章。这将会是一个契机，通过快速的eccDNA-seq结合PCR方式率先用“谱”的方式快速阐述一个疾病当中哪些基因易于成环、哪些基因扩增效率更高并快速和疾病的发生和发展建立联系，有理由相信这种虽然简单但是高度创新的文章一定会备受瞩目，影响因子再创新高。

目前研究表明，eccDNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）;（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。eccDNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。 云序生物eccDNA测序服务（别称：Circle-seq﹑环状DNA测序），采用多种方法高效地富集和扩增eccDNA，极大地提高了eccDNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的eccDNA分子。并通过严谨的eccDNA生信流程，实现了对eccDNA准确的识别和详细的基因注释。环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体，抑制胶质瘤的形成。

组织细胞环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但best新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。黑龙江云序环状DNA研究

从 1960 年代至今的半个多世纪里，研究者已经在几乎所有的物种当中发现环状 DNA 的踪迹。西藏修饰环状DNA

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于Paul S. Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不过还可以考虑通过提取环状DNA和滚环扩增的方式获得eccDNA，并进行后续的测序和组装，这时候相对于对软件依赖的限制就相对较小了，但是对于线性DNA背景的排除依然是个问题，在基因组DNA的提取、扩增、质控及后续分析方面还需要诸多探索。西藏修饰环状DNA