北京云序测序

m6A环状RNA测序:近年来，科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰（N6-methyladenosine，m6A）。研究发现，m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰， m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。 目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术，云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务，技术原理如下： 将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序。m5C环状RNA测序，云序生物为您完成m5C RNA-Seq全套实验服务。北京云序测序

案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊：Nature Methods 影响因子：26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。湖北上海云序生物测序m1A 环状RNA测序，针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。

m6A LncRNA测序：案例2. lincRNA 1281上的m6A 甲基化影响细胞分化 原文：N6-Methyladenosine modification of lincRNA 1281 is critically required for mESC differentiation potential 期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：11.56 同济大学康九红团队研究发现在mESC细胞中，甲基化转移酶Mettl3能够调控lincRNA 1281发生甲基化，并且与干细胞分化能力直接相关。揭示此过程主要发生在胞浆，且由let-7能够竞争性结合linc1281，从而降低其表达量，从机制上解释了m6A在不影响到表达水平的情况下如何影响生物学功能的问题。

LC-MS/MS检测核酸修饰水平实验原理： 云序生物建立了一种基于 LC-MS/MS 平台的核酸修饰分析方法，定量 4类 DNA 修饰（5-mdC、5-hmdC、5-fodC、6-mdA）和 9 类 RNA 修饰（m5C、 m6A、Am、Gm、Cm、Um、m1A、m7G、ac4C），为表观遗传研究提供理想的技术平台。 液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物，并能够对物质进行精确的定量。LC-MS/MS 法是目前所有总体甲基化水平分析方法中能够对含量极低的修饰碱基进行准确定性定量的方法；而将 LCMS/MS 法与一定的样品前处理方法相结合，能够更好地对各类生物样品中的 DNA/RNA 修饰进行检测。专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法。

样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞：1×108 b) 组织：500 mg - 5g c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。云序生物可进一步提供高精度的O8G氧化图谱。北京测序全转录组

RNA抽提，RNA质控，环状RNA特异性引物设计，环状RNA逆转录，环状RNA qPCR检测。北京云序测序

m5C全转录组测序m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C存在，但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务，采用经典重亚硫 酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。 样品运输与保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。北京云序测序