西藏云序测序
案例2：cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文：Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊：Cell 影响因子：36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促cancer机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法。西藏云序测序
比色法检测整体甲基化水平实验原理 比色法RNA甲基化定量检测试剂盒提供了定量检测总RNA甲基化水平的试剂。采用类似ELISA抑 制竞争免疫的方法，实验样本和RNA甲基化标准品与RNA甲基化抗体共孵育；然后转移到包被有RNA甲基化多核苷酸的条孔上。在孵育之后孔可以洗脱任何未包被的试剂然后添加检测抗体生成信号，通过微孔板读取仪（例：酶标仪）来检测。因为在样本的RNA甲基化抑 制了RNA甲基化抗体与涂抹在孔上RNA甲基化的结合，样本中更高浓度导致与在孔中的RNA甲基化结合减少。因此，从孔中测得信号或OD参数与样本中RNA甲基化的数量成反比。并且样本中RNA甲基化的量可以通过预先设定的RNA甲基化标准品来实现定量检测。江苏云序测序样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。
近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进tumour细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。
m6A LncRNA测序：案例2. lincRNA 1281上的m6A 甲基化影响细胞分化 原文：N6-Methyladenosine modification of lincRNA 1281 is critically required for mESC differentiation potential 期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：11.56 同济大学康九红团队研究发现在mESC细胞中，甲基化转移酶Mettl3能够调控lincRNA 1281发生甲基化，并且与干细胞分化能力直接相关。揭示此过程主要发生在胞浆，且由let-7能够竞争性结合linc1281，从而降低其表达量，从机制上解释了m6A在不影响到表达水平的情况下如何影响生物学功能的问题。云序优势 适用于任何物种：可以检测几乎任何动植物的环状RNA。
技术简介 针对血清血浆微量样品，云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法，酶切去除线性DNA后，利用Tn5转座酶，打开环状DNA环状结构并同时在DNA的片段两端加上接头，进行建库及测序。Tn5转座酶法效率高，损耗低，实现血液循环系统中微量的环状DNA的检测。并且本产品能保留环状DNA的原始表达量，使得不同环状DNA间的表达量的比较更为准确。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。测序适用于大多数物种：可以检测几乎任何动植物的环状RNA。云序测序全转录组
云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。西藏云序测序
案例1：m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制 原文：5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader 期刊：Cell Research 影响因子：15.60 中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术，以此揭示mRNA m5C的分布规律，并绘制了精细的m5C修饰图谱，发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集，并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织，发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守，而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现，在小鼠睾丸发育过程中，动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能，提示m5C修饰参与生殖发育调控。西藏云序测序