湖北RIP环状研究

1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速轰动了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项youxiu青年基金，两项重点项目，94项面上项目，62项青年基金项目，15项地区科学基金项目。比如中医学和药理学方向，相信未来其他类型的tumour和学科方向必定会争取更多的环状RNA课题资助。与此同时，生命科学方向环状RNA研究显得略微低调些，可以翻译成蛋白质，但大部分是非编码RNA。湖北RIP环状研究

自2013年的两篇在Nature期刊上对于环状机制研究成果问世以来，对于环状RNA的关注达到了空前的地步，迅速成为RNA领域火热的明星分子之一。环状RNA相比于线性结构的mRNA分子，具有更稳定的环状封闭结构，因此在循环体系中环状的表达量更稳定。多篇文章已报道环状RNA可行使“microRNA海绵机制”，通过竞争性的结合miRNA间接影响mRNA，在多种疾病的发生和发展中起到了重要的调控作用。环状RNA的研究从传统的“海绵机制”逐步发展多元化，更多的呈现出功能的多样性，如结合功能蛋白、编码蛋白潜能、影响可变剪切、受甲基化调控等。无处不在的功能覆盖让环状研究备受亲睐。新年伊始，云序生物公众号将为大家优中评优，悉数云序客户部分的环状RNA研究成果海南m1A环状测序m6A RNA-seq的富集效率是决定数据质量的关键。

1.环状RNA测序，高通量筛选AZ处理相关环状RNA各类农药(除草剂、杀虫剂和杀菌剂三类)对非洲爪蟾产生的包括神经发育、性腺发育等方面的伤害作用,使得非洲爪蟾作为农药污染监测的模式生物备受青睐。莠去津（Atrazine,AZ）是地下水和地表水中常见的环境内分泌干扰物之一。研究人员在Nieuwkoop-Faber（NF）第47阶段（孵化后第13天），将来自一对成年配偶的蝌蚪随机分为AZ处理和对照两组，随后收集雄性非洲爪蟾的睾丸组织（AZ处理组vs.对照组：3vs.3）用于检测非洲爪蟾中所有环状RNA的表达情况，检测一共发现了68575条环状RNA。接下来，研究人员系统分析了不同样本之间环状RNA的表达情况，发现405条环状RNA差异表达（包括44条上调和361条下调），这暗示着这些环状RNA可能在AZ污染过程中发挥作用。

一、环状RNA表达谱：作者将50个CRC患者和50个正常人的血清样品分别随机分为5组均匀混样，对混样后的5v5个样品进行了外泌体全转录组测序,检测到1924个环状RNA,来源基因在各染色体上均有分布，环状大部分长度小于500nt。二、CRC患者和健康人中环状RNA的差异表达接着作者筛选出了122个在CRC与健康人血清外泌体中差异表达的环状RNA，其中100个明显上调，22个明显下调。其中65个为新发现的环状RNA。三、差异环状RNA的功能预测通过对环状RNA来源基因的GO分析预测差异环状RNA的功能，结果显示上调的环状的潜在功能富集在蛋白修饰和细胞对内源性刺激的反应相关功能，高尔基体相关功能。此外KEGG分析还找到了这些基因参与的4个相关通路。circRNA 早于20世纪70年代在RNA病毒中被发现。

人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展，农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究，证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用，天津医科大研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络，预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一种环境内分泌干扰物，可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的，其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。环状RNA在tumour领域的研究非常热门。广东m5c环状

circRNA与白血病、恶性胶质liu、胃ai、肝ai等疾病的发生、发展密切关联。湖北RIP环状研究

云序生物对ac4CRNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下：将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。湖北RIP环状研究

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