辽宁mRNA甲基化
目前还没有一种完善的方法可以在单碱基分辨率下对每个转录本进行m6A的鉴定,这对评估m6A丰度是必要的。作者开发了一种新的方法,称为Nanom6A,用于在单碱基分辨率下鉴定和定量m6A修饰,使用基于XGBoost模型的纳米孔直接RNA测序。并使用MeRIP-Seq和m6A-REF-seq验证了此方法,证实了较高的准确性。利用这种方法,作者进行了毛果杨茎分化木质部中转录组范围的m6A修饰定量分析,揭示了不同的可变聚腺苷酸化(APA)量会导致不同的m6A修饰比例。m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。辽宁mRNA甲基化
案例2:2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病毒逃避宿主细胞免疫识别机制原文:FTSJ3isanRNA2’-O-methyltransferaserecruitedbyHIVtoavoidinnateimmunesensing期刊:Nature影响因子:41.6外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合,形成复合物,因此推测,FTSJ3是一种2-O-甲基化转移酶。接着,体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIVRNA上的2-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段,证实在HIV病毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2-O-甲基化修饰。综上,该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病毒RNA发生2-O-甲基化从而解释了HIV病毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。宁夏甲基化热点RNA 修饰在基因表达调控中扮演着非常重要的角色。
m6A甲基化已经被证明与植物对病原体的抗性有关。然而,小麦(Triticumaestivum)全转录组m6A谱及其在小麦抗小麦黄花叶病毒(WYMV)中的潜在生物学功能尚未见报道。这项研究是shou次鉴定两个不同抗WYMV小麦品种的转录组m6A修饰谱。通过对m6A-MeRIP-seq数据的分析,作者在WYMV感ran的抗病小麦品种(WRV)和WYMV感ran的敏感小麦品种(WSV)中鉴定出25752个共有m6A峰和30582个共有m6A基因,这些峰主要富集在编码序列3‘UTR区和终止密码子中。GO分析和RNA测序数据显示,m6A和mRNA水平均发生明显变化的基因与植物防御反应有关。
PNAS|8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质翻译发表时间:2018年4月17号影响因子:9.412PNAS杂志发表了来自国家老年医学中心、北京医院研究的一篇有关O8G氧化修饰改变哺乳动物细胞中蛋白合成的研究成果。文章题目为“Transcriptionalmutagenesismediatedby8-oxoGinducestranslationalerrorsinmammaliancells”。哺乳动物细胞内形成的活性氧可以在mRNA中产生8-oxoG修饰,这一氧化修饰在基因表达过程中会导致碱基错配。本研究首先构建了一种基于超敏荧光素酶Gluc(Gussialuciferase)的报告基因检测系统,通过第二代测序技术发现当RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位点增加,从而诱导表达淀粉样前体蛋白的淀粉样β肽(老年痴呆的重要标志物)。该研究结果表明,8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质合成。本论文的发表为深入氧化修饰与蛋白合成间的分子机理提供了全新的研究思路!m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化。
mRNAm6Am-Exo-seq测序服务云序生物在国内首批引入m6Am-Exo-seq测序服务,利用5’核酸外切酶消除非目的性的RNA的片段上m6A修饰的信号干扰,选择性地获取mRNA5’帽子结构下游m6Am修饰富集区域的序列信息。对选择性获取到的m6Am修饰的RNA的片段进行反转录建库和高通量测序,可为后续的生物信息学分析提供丰富的数据,进而揭示差异性m6Am修饰位点的特征及其可能的生物学功能,为您的科研课题提供强劲的助力。云序优势一站式服务:客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。环状RNA也会被m6A甲基化修饰,并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。山东甲基化
除了拟南芥,在其他植物中如番茄、小麦、玉米以及高粱等均发现了RNA m6A甲基化修饰。辽宁mRNA甲基化
案例3:m6ARNA去甲基化酶ALKBH5通过结合lncRNA促进胶质瘤细胞期刊:CancerCell影响因子:27.43近年来,m6ARNA修饰的研究已成为当今生命科学领域前沿研究之一,不断有高影响分子文章问世。m6ARNA修饰的催化、去除以及识别的分子机理研究越来越清晰,此时人们更关心m6ARNA修饰与重大疾病之间的相关性。近期CancerCell报道了m6ARNA去甲基化酶ALKBH5在神经胶质瘤中具有生理作用。在本研究中,去甲基化酶ALKBH5在恶性胶质瘤干性样细胞表达上调,而ALKBH5高表达的胶质细胞瘤患者预后生存率更差。通过敲低ALKBH5,meRIP鉴定m6ARNA甲基化修饰模式,基因芯片检测差异表达>2倍的基因,终筛选到与细胞周期调控相关的FOXM1基因,其在GSCs的自我修复和tumsour形成中起到关键作用。辽宁mRNA甲基化
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