重庆平台表观遗传组测序分子

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊：The Plant Cell 影响因子：8.23 原文：EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据，以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图，并寻找关键的转录因子-靶基因模块，预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。ctDNA特指来源于tumsour细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。重庆平台表观遗传组测序分子

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务，将ChIP和高通量测序技术结合，在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力，云序生物提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。陕西项目表观遗传组测序研究专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法。

早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定，再裂解细胞，超声断裂 DNA，将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上，再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来，之后将 DNA 与蛋白解离，将 DNA的片段补平，加 A，加接头，进行高通量测序。

EM-seq 的优势相比于传统的WGBS 拥有多种优势： DNA 测序文库质量高、所需 DNA 起始量小 相比于WGBS，EM-seq 对 DNA 的损伤小，因此可以用更少 DNA 样品、更少的 PCR 轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的 EM-seq 服务，所需的 DNA 起始量可低至10ng。 DNA 文库的插入片段更长、更完整 相比于WGBS，EM-seq 处理后的 DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的 GC 覆盖均一性 无论 GC 程度高低，EM-seq 的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS 测序文库高估了 AT 区，却低估了 GC 区，造成“GC 覆盖度偏误”。还在tumsour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。

云序优势 单碱基分辨 分辨率高，可以直接检测到发生甲基化的确切位点。 覆盖范围广： 检测>850,000个 CpG 位点，覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子等。 一站式服务： 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从DNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 严格的质控： 云序生物对805K芯片测序实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DNA的片段的两端加上接头。河北服务表观遗传组测序文章

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DNA甲基化是基因组一种主要的表观遗传修饰形式，它能够调控基因表达、染色质稳定性、X染色体失活及抑制病 毒和外源基因的表达等生物过程，与人类的ai症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学研究中的热点之一。 云序生物提供新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip测序服务（下文中以850K芯片代称）。850K甲基化芯片有效的利用高通量筛选技术，不但实现基因区域和CpG岛的覆盖，还包括 CpG 岛之外的甲基化位点、在人类干细胞中鉴定出了非 CpG 甲基化位点、miRNA 启动子区域、以及tumsor和正常组织中差异表达的甲基化位点等。普遍应用于ai症、tumsor和其他复杂疾病的研究，是目前适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。重庆平台表观遗传组测序分子

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