山西表观遗传组测序文章

而NGS技术能够检测基因突变。靶向深度测序和基于捕获物测序的方法可以在指定区域进行检测。重要的是，外显子血浆DNA分析开辟了一种新的机遇，即其可以描述突变组的特征，而不需要关注之前或者现在存在的突变。基于NGS的ctDNA全基因组测序，不仅可以发现染色体重组，易位等情况，其对tumsor标记物还具有敏感性和特异性。同时，在选定的情况下，基于NGS的ctDNA测序还能发现体细胞拷贝数的畸变。正是基于以上优势，NGS在ctDNA检测中，开始扮演越来越重要的角色。而基于NGS的ctDNA检测的效果，也在很多临床实验中得到了证实。这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA）。山西表观遗传组测序文章

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊：The Plant Cell 影响因子：8.23 原文：EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据，以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图，并寻找关键的转录因子-靶基因模块，预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。四川云序表观遗传组测序案例促进tumsour细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。

技术简介 DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，一种新的DNA甲基化修饰类型—DNA-6mA甲基化已经成为表观遗传学领域的研究热点。 云序生物率先开发了DNA-6mA测序技术—6mA-IP-seq。其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术，利用特异性抗体富集6mA的片段，扩增后进行高通量测序及甲基化分析，以较小的数据量，快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。

cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于tumsor细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。 报道表明：ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物，还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下，ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进医疗临床实践的巨大潜能，为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序，凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况。

可以说，ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。 早期筛查：与甲基化检测结合，或能较早检出tumsor的发生；技术不断成熟，有望使其成为tumsor早筛的新方法。 分子诊断：用于组织学检测的替代或有效补充，检测已知的驱动基因，如肺cancerEGFR、ALK突变等，指导医治。 残余病灶检测：可基于ctDNA，进行术后分子残留病灶检测，并进一步预测巩固医治的疗效。 疗效评估：系列、动态的检测ctDNA中的基因突变情况（如EGFR突变丰度），有效评估tumsor通路状态，评估靶向医治的疗效。ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）。湖北分析表观遗传组测序文章

近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsour中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的。山西表观遗传组测序文章

指导用药：与传统组织相比，取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变，指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测，指导耐药后医治。 tumsor代表性：tumsor异质性强，传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌，有效避免tumsor异质性难题。 实时监控：无创易获取的特点，使ctDNA样本能随时获得，对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控，动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。山西表观遗传组测序文章

上海云序生物科技有限公司总部位于上海市松江区新桥镇莘砖公路518号20幢302室-2，是一家上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。的公司。云序生物作为上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。的企业之一，为客户提供良好的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体。云序生物致力于把技术上的创新展现成对用户产品上的贴心，为用户带来良好体验。云序生物始终关注自身，在风云变化的时代，对自身的建设毫不懈怠，高度的专注与执着使云序生物在行业的从容而自信。